Определение вторичной структуры

Здесь будет рассматриваться белок D-lactate dehydrogenase из Fusobacterium nucleatum subsp. Nucleatum (PDB ID 3WWY), а именно – цепь A.

На рисунке 1 представлены вторичные структуры в составе дегидрогеназы.

Рис. 1. Вторичные структуры в составе дегидрогеназы (PDB ID 3WWY, цепь A)

Для анализа были выбраны 4 структуры: 2 альфа-спирали (helix 1 и 2) и 2 бета-листа (sheet 1 и 2) (рис. 2, выделены цветами). Информация о границах вторичных структур указана в pdb-файле. Также вторичные структуры были предсказаны при помощи программы DSSP (установлена на kodomo как mkdssp). В результате работы программы был получен файл 3wwy_dssp.out. На основании сравнения границ четырёх элементов вторичной структуры была составлена таблица №1. Также на рисунке 2 представлено расположение выбранных элементов по pdb-файла и по предсказанию программой.

Таблица №1.

Сравнение границ некоторых структур в исходном pdb-файле и в файлах с предсказаниями программы DSSP

Структура

Границы в PDB

Границы в DSSP

Helix 1 (красная)

GLY`155-PHE`168

LYS`156- GLY`167

Helix 2 (желтая)

THR`303-GLU`323

LYS`304- VAL`322

Sheet 1 (синий)

THR`4-PHE`8

PHE`28-PHE`32

VAL`50-GLY`53

LEU`74-MET`77

LYS`95-VAL`97

THR`4-PHE`8

PHE`28-PHE`32

VAL`50-GLY`53

LEU`74-MET`77

LYS`95-VAL`97

Sheet 2 (зеленый)

THR`148-ILE`152

LYS`171-TYR`175

ILE`203-LEU`206

VAL`230-ASN`234

ILE`255-LEU`260

VAL`293-ILE`295

THR`148-ILE`152

LYS`171-TYR`175

ILE`203-LEU`206

VAL`230-ASN`234

ILE`255-LEU`260

VAL`293-ILE`295

Из таблицы видно, что определение мало отличается от pdb-файла. Бета-листы были определены абсолютно так же, как и в PDB, а в случае альфа-спиралей - разметка отличается всего на 1 аминокислоту: не включаются концы спиралей. Это можно считать не ошибкой программы, а тем, как альфа-спираль определяется.

Рис. 2. Положение выбранных элементов вторичной структуры на основании разметки из pdb-файла (слева) и предсказаний DSSP (справа)