Ниже представлен JMol-апплет, последовательно визуализирующий структуру белка Rd1NTF2_05 в нескольких формах:
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | ||
| Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-H-O (°) |
| Alpha helix | ||
| O(42ASP)-N(80LYS) | 3.109 | 163.3 |
| O(83LYS)-N(135THR) | 2.872 | 161.3 |
| O(666GLU)-N(712LYS) | 2.911 | 159.8 |
| Average | 2.964 | 161.467 |
| Beta-sheet | ||
| O(536ASP)-N(1831TYR) | 2.85 | 160.5 |
| O(1821LYS)-N(1525THR) | 2.905 | 160.3 |
| O(1045SER)-N(1208GLN) | 2.914 | 157.3 |
| Average | 2.89 | 159.367 |
Полученные средние значения примерно попадают в интервал от 2.85 до 2.95 Å, что соответствует нормальной длине водородной связи [1]. Значения углов водородных связей отличаюся от угла 180° не более чем на 40°.
Источники1. E.N. Baker, R.E. Hubbard, Hydrogen bonding in globular proteins, Progress in Biophysics and Molecular Biology, Volume 44, Issue 2, 1984, Pages 97-179, ISSN 0079-6107, https://doi.org/10.1016/0079-6107(84)90007-5