Выдача программы в текстовом формате доступна по
ссылке.
Для дальнейшего анализа были выбраны последовательности со следующими INSDC CDS: Q88NN6.1, Q888H1.1, P55579.1, P55584.1, P55294.2, Q9S642.1, Q8PDW5.1. С помощью программы 'muscle' они были выравнены, получившееся выравнивание было отредактировано с помощью программы 'Jalview'. Проект доступен по
ссылке.
Все белки гомологичны друг другу, так как имеют достаточно много консервативных участков (например, с 52 столбца по 65, с 179 по 185, с 281 по 288).
| Таблица 1. Описание параметров поиска |
| Accession number |
AAK90243.2 |
| Database |
UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot) |
| Organism |
Proteobacteria (taxid:1224) |
| Algorithm |
blastp (protein-protein BLAST) |
| Expect threshold |
10 |
| Word size |
3 |
| Matrix |
BLOSUM62 |
| Gap Costs |
Existence: 11
Extension: 1 |
| Compositional adjustments |
Conditional compositional score matrix adjustment |
| Filter |
Low complexity regions |
Поиск гомологов зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина
| Таблица 2. Информация о полипротеине вируса Aura virus, взятая из UniProt |
| AC |
Q86924 |
| ID |
POLN_AURAV |
| Рекомендуемое название |
Polyprotein P1234 |
| Информация о выбранном зрелом белке |
| Название |
Protease nsP2 |
| Координаты |
540...1345 |
Последовательность указанного в таблице зрелого белка была вырезана из последовательности всего полипротеина. Далее производился поиск гомологичных белков с параметрами, идентичными таковым в табл.1, но без ограничения по принадлжености организма к какому-либо таксону. Были выбраны белки со следующими INSDC CDS: Q84133.2, P89659.2, P69514.1, P90211.1, Q05983.1. Проект доступен по
ссылке. Вывод: все выбранные белки гомологичны исходному в силу наличия большого количества консервативных и сходных участков (колонки 942-949, 993-1001, 1004-1053 и др.).
Зависимость E-value от размера банка
| Таблица 3. Разность в значении E-value для белка RDRP_RBDVR |
| All organisms |
2е-08 |
| Viruses only |
7e-10 |
Как можно видеть из таблицы, чем больше размер банка, тем выше вероятность встретить случайную находку с таким же и
лучшим весом выравнивания. Таким образом, доля вирусных белков в Swiss-Prot будет равна 7e-10/2e-08 = 0.035 или 3.5%.