Комплексы ДНК-белок

Задание 1

Для программы einverted использовались следующие параметры: Результат доступен по ссылке.

Задание 2

А-форма В-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28 34 42.8
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки (Å) 18.5 17.9 17
Ширина малой бороздки (Å) 10.48 13 8.7
Было рассмотрено основание на цепи A B-ДНК. В сторону большой бороздки обращены атомы: g4.c8, g4.n7, g4.c5, g4.c6, g4.o6 В сторону малой бороздки обращены атомы: g4.n3, g4.c2, g4.n2
nucl
Рис. 1. Атомы основания, обращённые в сторону малой (синим) и большой (красным) бороздок.

Подготовка чтений программой trimmomatic

Задание 3, упр. 2

Структура тРНК анализировалась с помощью программ find_pair и затем analyze. Информация о водородных связях доступна по ссылке.

Стебли тРНК:

  • 1-3 : 72-70
  • 5-7 : 68-66
  • 49-53 : 65-61
  • 40-43 : 30-27
  • 10-13 : 25-22

Неканонические пары оснований:

  • 4G-69U
  • 545MU-581MA
  • 49C-65G
  • 38A-32C
  • 40C-30G
  • 44A-26G
  • 14A-8U
  • 16U-59U
  • 15G-48C

Дополнительные пары, не относящиеся к стеблям:

  1. 36A-33U
  2. 14A-8U
  3. 15G-48C
  4. 55U-18G
  5. 19G-56C

Пара 30 изолирована от остальных.