Комплексы ДНК-белок

Задание 1

Для программы einverted использовались следующие параметры:

Gap penalty: 3
Minimum score threshold: 9
Match score: 5
Mismatch score: -4

Результат доступен по ссылке.

Таблица 1.Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1ehz.pdb

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-1-7-3'; 5'-72-66-3' (7 пар)	6 пар	7 пар
D-стебель	5'-10-13-3'; 5'-25-22-3' (4 пары)	2 пар	4 пары
T-стебель	5'-36-44-3'; 5'-26-33-3' (9 пар)	5 пар	5 пар
Антикодоновый стебель	5'-49-53-3'; 5'-65-51-3' (4 пары)	3 пар	5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	18 пар	24 пары	21 пар

nucl — **Рис. 1.** Структура, предсказанная алгоритмом Зукера

Задание 2

Упражнение 1

Jmol скрипт

Упражнение 2

Jmol скрипт

Таблица 2.Контакты разного типа в комплексе 1pp8.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	9	53	62
остатками фосфорной кислоты	38	45	83
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	5	20	25
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	6	3	9

Упражнение 3, 4

**Рис. 2.** Популярная схема ДНК-белковых контактов цепей M, R и Y структуры 1pp8, полученная с помощью nucplot.

Из схемы (рис.2) видно, что наибольшее число контактов образует Lys79 - программа выделяет 4 взаимодействия с фосфатными группами ДНК (рис.3).

Lys25 и Asn81 оба имеют 2 контакта с азотистыми основаниями, однако, в то время как первый контактирует с атомами малой бороздки, второй делает это с атомами большой (рис.4), что даёт основания считать его наиболее важным аминокислотным остатком для узнавания белком последовательности ДНК.

**Рис. 3.** Контакт Lys79 с фосфатными группами цепи Y.

**Рис. 4.** Взаимодействие Asn81 с большой бороздкой ДНК (цепь Y справа). Хотя программа определяет контакты как сближения без связей, теоретически оба основания могут быть связаны с остатком аспарагина водородной связью.