Практикум 10.

1. Найти гомологи белка A0A4Q0V9H8_9PROT в Swissprot

A0A4Q0V9H8.fasta - загруженный файл

Databases: UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot)

Organism: eukaryotes (taxid:2759) exclude

Algorithm: blastp (protein-protein BLAST)

Algorithm parameters: Не изменялись

Были отобраны белки: Q3ATW8.1; A5G3P2.1; A6LUD4.1; Q30NQ5.1; Q3A4X0.1; Q72NZ6.1; B9M2Y9.1

Из выравнивания были удалены белки: Q30NQ5.1; Q3A4X0.1

Причина: Удалены из-за трёх остовов АМК, идущими подряд и обладающими другими свойствами. Остальные белки практически идентичны, с редкими мутациями.

2. Найти гомологи зрелого вирусного белка, вырезанного из полипротеина в Swissprot

Описание вирусного полипротеина:
ID: GP_NYV
AC: Q83887
OS: New York virus (NYV)
Зрелый белок: "Glycoprotein N"
Координаты: 18..652
Вырезанный зрелый вирусный белок Отчёт программы Выбраны: Q83887.1; Q89905.1; P0DTJ0.1; Q9E006.1; P0DTJ1.1

Из выравнивания были удалены: Q9E006.1; P0DTJ1.1

Причина: Не начинаются с глицина, как все остальные. Более того, в них часто встречаются негомологичные остовы аминокислот (было даже 4 подряд).

3. Исследование зависимости E-value от объёма банка

Важный комментарий: Для выполнения данного задания был использован протеом вируса African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted).
Был вырезан белок p15 из полипротеина с ID: PP62_ASFB7 (AC: Q65179).

Подведение итога анализа: E-value уменьшилась примерно на порядок для всех найденных белков (список гомологичных белков, кстати, не изменился). Сравним первые белки из списка: 3e-111 и 1e-112. Можно сделать вывод, что число невирусных белков в Swiss-Prot в 30 раз больше.