Практикум 8.

Были выбраны протеомы Arcobacter cloacae (UP000290870; является патогенной бактерией, содержащей рассматриваемый белок AC: A0A4Q0V9H8) и Arcobacter nitrofigilis (UP000000939; является нитрофиксирующей бактерией-симбионтом)

CPD:

Arcobacter cloacae - Standard; Arcobacter nitrofigilis - Close to standard (high value)

BUSCO:

Arcobacter cloacae - C:97.8% (S:96% D:1.8%) F:0.2% M:2.1%;

Arcobacter nitrofigilis - C:98.1% (S:95.2% D:2.9%) F:0.3% M:1.6%

В протеоме Arcobacter cloacae 2455 белков:

--(proteome:UP000290870) AND (keyword:KW-0812)

Доля трансмембранных белков: 22,6% (555 белков)

--(proteome:UP000290870) AND (keyword:KW-0081)

Бактериолитические ферменты: 0

--(proteome:UP000290870) AND (keyword:KW-0511)

Многофункциональные ферменты: 0,61% (15 белков)

--(proteome:UP000290870) AND (keyword:KW-0021)

Аллостерические ферменты: 0,1629% (4 белка)

Всего ферментов: 0,774% (19 белков)

--(proteome:UP000290870) AND (keyword:KW-0535)

Белки, отвечающие за фиксацию азота: 0,04% (1 белок)

В протеоме Arcobacter nitrofigilis 3125 белков:

--(proteome:UP000000939) AND (keyword:KW-0812)

Доля трансмембранных белков: 24,672% (771 белок)

--(proteome:UP000000939) AND (keyword:KW-0081)

Бактериолитические ферменты: 0,032% (1 белок)

--(proteome:UP000000939) AND (keyword:KW-0511)

Многофункциональные ферменты: 0,512% (16 белков)

--(proteome:UP000000939) AND (keyword:KW-0021)

Аллостерические ферменты: 0,128% (4 белка)

Всего ферментов: 0,672% (21 белок)

--(proteome:UP000000939) AND (keyword:KW-0535)

Белки, отвечающие за фиксацию азота: 0,544% (17 белков)

Сравнение протеомов по ключевым словам:

Комментарий: Взглянув на таблицу, сразу можно понять, почему Arcobacter nitrofigilis является нитрофиксирующим организмом и является симбионтом растений, в отличие от патогенной Arcobacter cloacae.