1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков.
Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Copper-exporting P-type ATPase | COPA_ECOLI | COPA_BACSU | 1488.0 | 39.9% | 57.9% | 94 | 21 |
| Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta | SUCC_ECOLI | SUCC_BACSU | 1136.0 | 53.9% | 74.2% | 3 | 1 |
| Cell division protein ZapA | ZAPA_ECOLI | ZAPA_BACSU | 41.5 | 13.2% | 29.8% | 48 | 6 |
2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков.
Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания трёх пар белков.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Copper-exporting P-type ATPase | COPA_ECOLI | COPA_BACSU | 1488.5 | 40.1% | 58.1% | 89 | 17 | 99,2% | 99,3% |
| Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta | SUCC_ECOLI | SUCC_BACSU | 1136.0 | 54.3% | 74.8% | 0 | 0 | 99,2% | 100% |
| Cell division protein ZapA | ZAPA_ECOLI | ZAPA_BACSU | 50.0 | 16.5% | 48.1% | 9 | 3 | 70,6% | 84,7% |
3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам.
Таблица 3. Характеристики глобального парного выравнивания пары неродственных белков.
| ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| METI_ECOLI | AZLC_BACSU | 47.0 | 15.9% | 31.7% | 109 | 18 |
Таблица 4. Характеристики локального парного выравнивания пары неродственных белков.
| ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| METI_ECOLI | AZLC_BACSU | 60.0 | 17.1% | 38.4% | 45 | 10 | 90,8% | 70,9% |
Необычайно высокое количество гэпов и малый показатель идентичности глобального парного выравнивания указывают на то, что белки негомологичны. Более того, локальное парное выравнивание, покрывающее большие части белков, также имеет низкое значение идентичности.
4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview.
Мнемоника: SUCC
Рекомендованное полное имя белка из ECOLI: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
Сколько белков нашлось: 512
Какие белки были выбраны: SUCC_THETH; SUCC_BACAH; SUCC_HALHL; SUCC_HERAR; SUCC_MARMS
Как делалось выравнивание: Из-за постоянных проблем с сервером JABAWS, выравнивание было проведено на сайте Uniprot, загружено в Jalview, раскрашено и сохранено в качестве проекта.
Файл JalviewКомментарий к выравниванию: Считаю, что белки гомологичны, так как довольно часто встречались большие гомологичные(консервативные) участки, также были и неконсервативные участки. Стоит отметить, что в некоторых консервативных участках имелись еденичные мутации у некоторых белков..
Назад