Подобрать пару нуклеотидных последовательностей и сравнить карты локального сходства, составленные с помощью megablast и blastn. Пара нуклеотидных последовательностей должна быть такая, чтобы карты заметно различались.
Запрос:((Enterovirus[Organism]) AND complete[Title] AND refseq[filter])
Последовательность 1: Human enterovirus A, complete genome (NC_001612.1)
Последовательность 2: Human enterovirus B, complete genome (NC_001472.1)
Первая карта (megablast) отображает только небольшой участок сходства, а карта выравнивания, построенная с помощью blastn, является более полной. Это связано с тем, что параметр длины слова у megablast намного выше, а значит он будет искать наиболее похожие последовательности, такой способ не является оптимальными при сравнении двух штаммов. Вторая карта имеет 2 неконсервативных участка, эти участки и отвечают за различия между штаммом A и штаммом B.
Назад