Задание 1:
Была использована команда: einverted -sequence 1N78_tRNA.seq -gap 12 -threshold 15 -match 3 -mismatch -4 -outfile sanger_out.txt -outseq seqout.fasta
: Score 15: 5/5 (100%) matches, 0 gaps
3 cccca 7
|||||
69 ggggt 65
Вторичная структура, полученная с помощью алгоритма Зукера:
| Участок структуры | Позиции в структуре (find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 3-7..66-70 | 3-7..65-69 | 4/5 |
| D-стебель | 10-13..22-25 | - | 4/4 |
| T-стебель | 49-53..61-65 | - | 3/5 |
| Антикодоновый стебель | 26-32..38-44 | - | 5/7 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 21 | 5 | 16 |
Задание 2:
| Контакты атомов белка с | остатками 2'-дезоксирибозы | остатками фосфорной кислоты | остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
| Полярные | 9 | 22 | 0 | 12 |
| Неполярные | 136 | 109 | 32 | 2 |
| Всего | 145 | 131 | 32 | 14 |
Arg168(A) имеет наибольшее число контактов с ДНК
His182(A) по моему мнению наиболее важный для распознавания последовательности ДНК из-за сложного строения и, что следует из этого - своей редкости в последовательности, также он непосредственно имеет контакт с цепочкой ДНК, по сравнению с His180(A)
