Практикум 1:

Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Agrobacterium fabrum AGRFC
Escherichia coli ECOLI
Paracoccus denitrificans PARDP
Proteus mirabilis PROMH
Roseobacter denitrificans ROSDO
Thiobacillus denitrificans THIDA
Shewanella denitrificans SHEDO

Скобочная формула дерева
(((ROSDO, PARDP), AGRFC), (THIDA, (SHEDO, (PROMH, ECOLI))));

Изображение дерева

Tree.png

Ветви дерева
Дерево содержит 4 нетривиальные ветви:
1) {ROSDO, PARDP} vs {AGRFC, THIDA, SHEDO, PROMH, ECOLI}
2) {ROSDO, PARDP, AGRFC} vs {THIDA, SHEDO, PROMH, ECOLI}
3) {ROSDO, PARDP, AGRFC, THIDA} vs {SHEDO, PROMH, ECOLI}
4) {ROSDO, PARDP, AGRFC, THIDA, SHEDO} vs {PROMH, ECOLI}

Практикум 2:

Название Таксономия
Agrobacterium fabrum cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium; Agrobacterium tumefaciens complex; Agrobacterium fabrum
Escherichia coli cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia; Escherichia coli
Paracoccus denitrificans cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Paracoccaceae; Paracoccus; Paracoccus denitrificans
Proteus mirabilis cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Morganellaceae; Proteus; Proteus mirabilis
Roseobacter denitrificans cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Roseobacteraceae; Roseobacter; Roseobacter denitrificans
Thiobacillus denitrificans cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Nitrosomonadales; Thiobacillaceae; Thiobacillus; Thiobacillus denitrificans
Shewanella denitrificans cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella; Shewanella denitrificans

Задание 1:

Какие нетривиальные ветви на дереве отобранных бактерий выделяют какие-нибудь из таксонов?
Нетривиальная ветвь, отделяющая таксон из дерева Объединяющий таксон
{ROSDO, PARDP} Rhodobacterales (order)
{ROSDO, PARDP, AGRFC} Alphaproteobacteria (class)
{PROMH, ECOLI} Enterobacterales (order)
{SHEDO, PROMH, ECOLI} Gammaproteobacteria (class)

Назад