- "Выбранные гомологичные последовательности"
- Выравнивание с помощью программы emma: Выходной файл, Раскрашенное выравнивание
Количество остатков идентичных на 100%: 15
Количество остатков идентичных более чем на 70%: 73
- "Выравнивание с помощью программы muscle"
- "Матрица попарного совпадения последовательностей, получена на основе множественного выравнивания с помощью
программы GeneDoc"
- "Сравнение 2-х множественных выравниваний";
выравнивания не очень похожие:
в muscle - большее количество столбцов с идентичностью 100%, но общая длина выравнивания больше чем у emma
в emma - чуть-чуть побольше столбцов с идентичностью 70%
| однако на следующих участках выравнивания идентичны: |
| 0-47 |
| 84-136(emma), 89-141(muscle) |
| 160-171(emma), 164-177(muscle) |
Таким образом, выравнивание muscle кажется более правдоподобным т.к. в столбцах 330-420 видно разделение на относительно консервативные участки,
что может говорить об особенностях структуры белков
- "Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей LEP_RICTY и LEP_HAEIN с их попарным выравниванием, порожденным множественным выравниванием"
Внешне выравнивания отличаются довольно сильно, но большое количество позиций и участков совпадают
например в промежутке 100-175 выравнивание muscle практически идентично выравниванию needle, а на промежутке 147-175 выравнивание needle всего лишь на один гэп отличается от выравнивания emma, это позволяет needle выделить еще несколько идентичных остатков
Таким образом с одной стороны не очень удивительно, что в парном выравнивании совпадающих участков больше, но с другой - имеются совпадающие участки во всех выравниваниях, которые несомненно представляют определенный интерес
|
На главную
Второй семестр
|