Семейства доменов

Доменная организация белка LEP_Ecoli (Pfam)

• Схематическое изображение доменной структуры LEP_Ecoli,   PDB запись: 1t7d

    

Зеленый овал - схематическое изображение домена Peptidase_S24

Трехцветный цилиндр - Pfam-B_2366

Красные ромбики - схематичное положение активных сайтов

Скобочка символизирует дисульфидный мостик

• Картинка с доменами, отмеченными на пространственной структуре LEP_Ecoli

          

В шариковой модели изображен липопептидный ингибитор

Серым цветом отмечен домен Peptidase_S24

Зеленым цветом - Pfam-B_2366

• Табличка с названием "Домены в последовательности LEP_Ecoli

  Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности LEP_Ecoli
  PF00717	Peptidase S24	пептидаза s24	86-170

Описание N-концевого домена белка LEP_Ecoli

• Краткая характеристика домена PF00717

    Протеолитические ферменты использующие каталитические свойства серина, включают широкий класс пептидаз, таких как экзо-, эндо-, олиго- и омегапептидазы. Их каталитические центры состоят из серина, играющего роль нуклеофила, аспарагина, как электрофила, и гистидина, в качестве основания, причем пространственная ориентация этих аминокислот очень похожа, несмотря на то что белки могут иметь разные укладки. Данное семейство включает: семейство лямбда-репрессоров CI/C2y и родственных с ними белков-репрессоров бактериальных вирусов, LexA - репрессор гена СОС-репарации, MucA и родсвенные UmuD белки - ДНК-полимеразы, RulA - компонент rulAB-локуса отвечающего за сопротивляемость к UV;

• Табличка с названием "Организмы, в которых найдены белки с доменами PF00717"

  Таксон		Количество белков с доменом PF00717
  Эукариоты	Растения	41
  	Грибы	55
  	Животные	68
  Бактерии		2050
  Археи		33

• Интересно, что:
  • с доменами PF00717 известно всего 2357 белков
  • чаще бывает что домен PF00717 — единственный домен в белке
  • известны случаи дупликации домена PF00717.
  Например Q0HJB1_SHESM
  
  • случаев перестановки 2-х доменов местами, в то время когда один из них PF00717 - неизвестно

• Изображение всех подписей в белке LEP_ECOLI

	LEADERPTASE
	SPASE_I_1
	SPASE_I_2
	SPASE_I_3
	Pept_S26A_signal_pept_1
	sigpep_I_bact
	Pept_S24_S26_C
	Peptidase_S24
	Peptidase_S26A
	Pept_S24_S26_C

 

• "Мотивы в белке LEP_Ecoli по данным БД InterPro"

  Название подписи	Положение в последовательности LEP_Ecoli	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
  LEADERPTASE	80 - 96; 144 - 156; 264 - 283	SPRINT
  SPASE_I_1	89 - 96	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
  SPASE_I_2	146 - 158	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
  SPASE_I_3	269 - 282	PROSITE	Swiss Institute of Bioinformatics	Швейцария, Женева
  Pept_S26A_signal_pept_1	70 - 308	PANTHER
  sigpep_I_bact	63 - 305	CMR
  Pept_S24_S26_C	75 - 324	CATH
  Peptidase_S24	86 - 170	Pfam
  Peptidase_S26A	70 - 308	PANTHER
  Pept_S24_S26_C	78 - 324	Superfamily

Второй семестр