Практикум 3. Анализ и визуализация структуры 2GMN

PDB ID: 2GMN

Название: Crystal structure of BJP-1, a subclass B3 metallo-beta-lactamase

Метод: Рентгеноструктурный анализ, разрешение 1.4 Å

Организм: Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110

Исходный файл: 2gmn.pdb

Модифицированные остатки: 2gmn_modified.txt

Строки с цинком: 2gmn_ZN.txt

1. Структура в целом

Тип макромолекулБелок (металло-бета-лактамаза)
Количество полимерных цепей2 (цепи A и B)
Идентичны ли цепи?Да, идентичная последовательность (гомодимер)
Биологическая единицаМономер (1 цепь). В асимметрической единице две цепи.
Общий вид структуры 2GMN
Рис. 1. Общий вид структуры. Цепь A — голубая, цепь B — пурпурная.
Биологическая единица 2GMN
Рис. 2. Биологическая единица (цепь A, голубая). Цепь B (полупрозрачная) — дополнительная копия.

2. Отдельные цепи

Цепь A и B (идентичны)

ОрганизмBradyrhizobium diazoefficiens USDA 110
UniProt IDQ89GW5 (BLR6230)
НазваниеMetallo-beta-lactamase BJP-1
ФункцияГидролаза (EC 3.5.2.6), расщепляет бета-лактамные антибиотики
МутацииНет
Модифицированные остаткиДа, см. файл

3. Вторичная структура

В структуре преобладают α-спирали (красный). β-Тяжи (жёлтый) и петли (зелёный).

Вторичная структура 2GMN
Рис. 3. Вторичная структура: α-спирали — красный, β-тяжи — жёлтый, петли — зелёный.

4. Малые молекулы

3-букв. кодПолное наименованиеКоличество
ZNZINC ION (Цинк)6 (по 3 на цепь)
HOHWATER (Вода)713

Строки с ионами цинка: 2gmn_ZN.txt

Окружение цинка в 2GMN
Рис. 4. Окружение Zn²⁺ (радиус 5 Å). Красные сферы — ионы цинка.

5. Функция малых молекул (доп. баллы)

Ионы цинка (Zn²⁺) выполняют ключевую каталитическую функцию — находятся в активном центре фермента и необходимы для гидролиза бета-лактамного кольца. Два иона формируют биядерный цинковый центр, третий — артефакт кристаллизации.

Источники

  1. Stoczko M. et al. Structure of BJP-1 beta-lactamase // J Mol Biol. 2006.
  2. RCSB PDB: 2GMN
  3. UniProt: Q89GW5