Практикум 5. Анализ контактов в структуре 2GMN

PDB ID: 2GMN

Белок: металло-β-лактамаза BJP-1

Организм: Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110

1. Водородная связь (остов белка)

Водородные связи между атомами остова (N–H···O=C) формируют вторичную структуру. Жёлтый пунктир показывает H-связь между остатками 84 и 145.

H-связи остов
Рис. 1. Водородные связи между атомами остова (жёлтый пунктир).

2. Водородная связь (боковые радикалы)

Водородная связь между боковыми цепями остатков (жёлтый пунктир).

H-связь боковые цепи
Рис. 2. Водородная связь через боковые радикалы.

3. Солевые мостики

Красные = отрицательно заряженные остатки (Asp, Glu). Синие = положительно заряженные (Arg, Lys). Солевые мостики не обнаружены (минимальное расстояние > 4.0 Å).

Заряженные остатки
Рис. 3. Заряженные аминокислотные остатки. Солевых мостиков нет.

4. Дисульфидные связи

В структуре BJP-1 отсутствуют дисульфидные связи. Все цистеины показаны жёлтым, атомы серы SG — оранжевые сферы.

Все цистеины
Рис. 4. Цистеины в структуре (жёлтый). Дисульфидных связей нет.

5. Стекинг ароматических колец

Ароматические остатки (Phe, Tyr, Trp, His) показаны пурпурными палочками. Стекинг-взаимодействия не обнаружены.

Ароматические остатки
Рис. 5. Ароматические кольца в структуре 2GMN.

Источники

  1. Stoczko M. et al. J Mol Biol. 2006.
  2. RCSB PDB: 2GMN