Для практикума было выбрано семейство с общим названием YebG protein(AC - PF07130). В данном семействе 33 последовательности по данным таблицы(#seed) и 5 структур(#structures). На PFAM число последовательностей составляет 32.
Это семейство состоит из нескольких бактериальных белков YebG длиной около 75 остатков. Точная функция этого белка неизвестна, но считается, что он участвует в реакции SOS. Индукция гена yebG происходит, когда клетка переходит в стационарную фазу роста, и зависит от циклического AMP и H-NS
Ссылка на гугл таблицу:Результаты
| Характеристика | Информация | Комментарии |
| Выравнивание seed | В выравнивании 32 последовательности, 84 колонки | Число последовательностей на 1 меньше указанного в гугл таблице 2023 года, так как PFAM обновляет свои данные |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | 30-43 | Если консервативность групп учитывать по матрице BLOSUM62 и не брать в группу пары, у которых значение равно 0, то МДБ-all участок будет по координатам 30-40 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 33:A, 37:D, 40:L | Также присутствуют функционально консервативные участки - 30:[K,R]; 34:[D,E]; 38:[K,R,Q]. |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности(МДБ-notAll) | колонки с 24 по 55; последовательности с 1 по 18 | Для опредения консервативных позиций участка была выбрана clustal окраска с порогом identity равным 75%. По консервативным колонкам последовательности были разделены на группы |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 25:M; 27:F; 30:K; 32:A; 33:D; 34:A; 37:D; 41:D, 50:L | Поиск консервативных колонок происходил аналогично с МДБ-all |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков | Колонки 59-79 | Выделенные колонки были разбиты на группы по неконсервативным участкам, не сформировалось ни одной группы хотя бы из двух последовательностей, а значит выравнивание на этом участке не отражает ход эволюции |
Ссылка на выравнивания: Проект в Jalview