С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A-, B- и Z-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого представляет собой 5 раз повторенную последовательность "GATC". Команда для получения A-формы представлена ниже:
!fiber -a -seq=GATC -rep=5 gatc-a.pdb
Структуры дуплексов с соответствующими названиями были сохранены в папке ~/term3/block1/pr2. Ссылки на файлы: gatc-a.pdb, gatc-b.pdb, gatc-z.pdb
Наша ДНК А-формы была наложена на структуру той же формы, полученной экспериментальными данными(3v9d). Были определены малая и большая бороздка. Также на нашей структуре был выбран гуанин, для которого посмотрели, какие атомы основания явно обращены в сторону большой бороздки(на третьей картинке окрашены красным), а какие в сторону малой(окрашены синим). Определили названия этих атомов:
В сторону малой бороздки обращены атомы G5.N1, G5.C6, G5.C5, G5.N7, G5.C8.
В сторону большой бороздки обращены атомы G5.N2, G5.C2, G5.N3, G5.C4, G5.N9.
5 - номер выбранной позиции.
По полученным нами структурам были найдены следующие данные:
| Характеристика | A-форма | B-форма | Z-форма |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали (Å) | 28.0 | 33.8 | 42.8 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 16.8(B/DA`30 - A/DG`13) | 17.9(A/DG`5 - B/DC`32) | 18.3(A/DC`2 - B/DC`16) |
| Ширина малой бороздки | 8.0(A/DT`3 - B/DC`32) | 13.2(B/DT`31 - A/DT`15) | 9.9(B/DG`17 - A/DC`8) |
С помощью программ find_pair и analyze из пакета 3DNA была обработана структура 1n78. Для этого мы применили следующие команды:
wget https://files.rcsb.org/download/1N78.pdb
remediator --old ''1N78.pdb'' > ''1N78_old.pdb''
find_pair -t 1N78_old.pdb stdout | analyze
Файл с предсказанными водородными связями
Координаты стеблей
(501-507 -- 566-572) - акцепторный стебель
(549-553 -- 561-565) - T-стебель
(538-544 -- 526-532) - антикодоновый стебель
(510-513 -- 522-525) - D-стебель
Неканоничные пары
502_:[..G]G-*---U[..U]:.571
554_:[..U]U-**--A[..A]:.558
555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518
538_:[..A]A-**--C[..C]:.532
544_:[..A]A-**--G[..G]:.526
513_:[..U]U-*---G[..G]:.522
508_:[..U]U-**--A[..A]:.546
514_:[..A]A-**--A[..A]:.521
515_:[..G]G-**+-C[..C]:.54
502_:[..G]G-*---U[..U]:.571
554_:[..U]U-**--A[..A]:.558
555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518
538_:[..A]A-**--C[..C]:.532
Стабилизирующие пары
554_:[..U]U-**--A[..A]:.558
555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518
538_:[..A]A-**--C[..C]:.532
544_:[..A]A-**--G[..G]:.526
508_:[..U]U-**--A[..A]:.546
514_:[..A]A-**--A[..A]:.521
515_:[..G]G-**+-C[..C]:.54
554_:[..U]U-**--A[..A]:.558
555_:[..U]U-**+-G[..G]:.518
538_:[..A]A-**--C[..C]:.532