С помощью программы einverted и алгоритма Зукера была предсказана вторичная структура тРНК 1n78. Файл с предсказаннами программой einverted координатами стеблей тРНК:файл
Рис. 1.Вторичная структура тРНК 1N78
В таблице представлено сопоставление и сравнение предсказанных координат стеблевых участков тРНК, полученных с помощью разных алгоритмов.
| Участок структуры | findpair | einverted | ViennaRNA |
| Акцепторный стебель | 1-7 (66-72) | - | 1-7 (66-72) |
| T-стебель | 26-32 (38-44) | 27-31 (39-43) | 27-31 (39-43) |
| D-стебель | 10-14 (21-25) | 9-12 (23-26) | 9-13 (22-26) |
| Антикодоновый стебель | 49-53 (61-65) | 49-53 (61-65) | 49-53 (61-65) |
| Общее число канонических пар | 20 | 14 | 20 |
Таблица 1.
Задания выполняем на структуре 1I3J. Для этой структуры были рассмотрены полярные и неполярные контакты ДНК-белок
Jmol скрипт для определения трех групп атомов
| Контактирующие атомы ДНК | Полярные | Неполярные | Всего |
| Отстатки 2'-дезоксирибозы | 10 | 120 | 130 |
| Остатки фосфорной кислоты | 24 | 27 | 51 |
| Азотистые основания со стороны большой бороздки | 0 | 25 | 25 |
| Азотистые основания со стороны малой бороздки | 3 | 10 | 13 |
Также была построена карта ДНК-белковых контактов при помощи nucplot.
Рис 3(2 шт). Карта взаимодействий ДНК и белка
Взаимодействие ДНК и белка обеспечивают слабые нековалентные взаимодействия энергия которых порядка 5 ккал/моль. Поэтому невозможно среди всех слабых взаимодействия между ДНК и белком выделить одно наиболее значимое. Так что в следующем задании просто визуализируем интересные взаимодействия.
Рис. 4. Остаток серина образует водородную связь с сахарофосфатным остовом
Рис 5. Остаток аргинина образует солевой мостик и водородную связь с остатком фосфорной кислоты в ДНК