| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Cell division protein ZapA | ZAPA_ECOLI | ZAPA_BACSU | 41.5 | 13.2% | 29.8% | 48 | 5 |
| 50S ribosomal protein L15 | RL15_ECOLI | RL15_BACSU | 310 | 46.6% | 61.6% | 2 | 2 |
| Peptidase T | PEPT_ECOLI | PEPT_BACSU | 1129 | 54.1% | 72.1% | 6 | 6 |
Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Cell division protein ZapA | ZAPA_ECOLI | ZAPA_BACSU | 50 | 16.5% | 48.1% | 9 | 3 | 69.7% | 84.7% |
| 50S ribosomal protein L15 | RL15_ECOLI | RL15_BACSU | 312 | 47.2% | 62.5% | 1 | 1 | 99.3% | 98.6% |
| Peptidase T | PEPT_ECOLI | PEPT_BACSU | 1132 | 54.8% | 73.2% | 3 | 3 | 98.2% | 98.0% |
Таблица 2. Характеристики локального парного выравнивания гомологичных белков
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|
Cell division protein ZapA 50S ribosomal protein L15 |
ZAPA_ECOLI | RL15_BACSU | 7.5 | 13.6% | 23.7% | 83 | 9 | 100% | 100% |
|
Cell division protein ZapA 50S ribosomal protein L15 |
ZAPA_ECOLI | RL15_BACSU | 28.5 | 24.6% | 43.1% | 11 | 4 | 50.5% | 43.8% |
Таблица 3. Характеристики глобального и локального парного выравнивания негомологичных белков
Исходя из полученных данных, можно заключить, что для двух случайно выбранных белков вес выравнивания значительно ниже, чем для гомологичных белков. Также наблюдаются низкие значения идентичности и схожести и большое число гэпов и инделей. Процент покрытия в случае локального выравнивания в среднем ниже, чем в случае с гомологичными белками.
Из трёх имеющихся мнемоник я выбрал PEPT_*. Рекомендуемым полным именем белка для ECOLI является Peptidase T. В Swiss-Prot нашлось 200 записей о белках, из которых я выбрал PEPT_SALTY, PEPT_YERPE, PEPT_VIBVY, PEPT_LACLC, PEPT_LACHE.
Выравнивание делалось с помощью инструментов UniProt по вышеуказанным идентификаторам, с последующим скачиванием файла в формате FASTA без сжатия. Файл с проектом доступен по ссылке.
Все белки достаточно хорошо выровнялись, что свидетельствует об их гомологии. Консервативные участки более-менее равномерно распределены между неконсервативными. Можно выделить сравнительно стабильные фрагменты в столбцах 130-155, 175-183, 226-236, 358-391.