Практикум 11

Задания 1, 2

Для практикума я выбрал семейство доменов NACHT_sigma.

1. Название — Sigma domain on NACHT-NTPases. Функция этих белков — гидролиз нуклеозидтрифосфатов до нуклеозиддифосфатов; функция доменов неизвестна. ID: NACHT_sigma. AC: PF16750.
2. Full = 180, seed = 33.
3. 36 доменных архитектур.
4. Хорошо представлены две доменные архитектуры:
   • G9MXQ8_HYPVG; 66 белков; состав: SesA, NACHT_sigma
   • F9G5Y8_FUSOF; 33 белка; состав: NACHT_sigma
5. Нет ни одного белка с подобными доменами и известной 3D-структурой.
6. Домены NACHT_sigma характерны для 77 видов эукариот, из которых 41 вид относится к царству Грибы, а 36 видов некатегоризированы. В пределах царства 39 видов принадлежат отделу Ascomycota, ещё один — к Basidiomycota, и один вид не описан.
7. Дата создания HMM профиля — 13 октября 2021. В профиле 42 позиции.

Задание 3

Карта локального сходства белков с разной доменной архитектурой.

Для построения карты я выбрал белки G9MXQ8_HYPVG (вертикальная ось) и F9G5Y8_FUSOF (горизонтальная ось). На позиции 357 имеется единственный гэп, который свидетельствует об однонуклеотидной делеции (в G9MXQ8_HYPVG) или инсерции (в F9G5Y8_FUSOF).

Задание 4

Проект Jalview

Для определения подгрупп доменов я использовал метод построения филогенетического дерева и объединения близкородственных белков. Практически все из 180 последовательностей распределились по двум группам. В проекте первая группа выделена голубым цветом, вторая — розовым.

• В первой группе наблюдается практически полное выпадение участка 1—10.
• В отличие от первой, для второй группы характерна делеция участка 12—23.
• Во второй группе имеются N и S на позициях 22 и 23 соответственно.
• Во второй группе на 28 и 59 позициях часто встречается V, а на 29 — S.
• Для 52 позиции первой группы характерна S, а второй группы — H.

Задание 5

Таблица с белками, содержащими домен PF17106, доступна по ссылке.

Нетрудно заметить, что из 338 белков только для девяносто восьми, исходя из названия, показано присутствие NACHT-домена; из них 76 имеют полную сигма-форму домена и 2 — фрагментарную. К слову, среди всех этих белков для 16 экземпляров характерно наличие доменов с анкириновыми повторами. Эти повторы в норме встречаются в белках-анкиринах, участвующих в присоединении других белков к клеточной мембране. Кроме того, в выборке содержатся 180 неохарактеризованных белков (Uncharacterized protein).