Практикум 2

Задание 1

A-форма ДНК

B-форма ДНК

Z-форма ДНК

Задание 2

Для этого задания я выбрал экспериментальную структуру 3v9d (А-форма). В ней есть единственный дезокситимидин в положении 7 на цепи А.

Красные атомы смотрят в сторону большой бороздки, синие - в сторону малой.

Таблица сравнения форм ДНК:

Форма ДНК A B Z
Тип спирали (правая или левая) правая правая левая
Шаг спирали (Å) 27.68 33.61 43.50
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 11.36 ([DC]3:A.P-[DG]6:B.P) 16.44 ([DG]4:A.P-[DA]17:B.P) 8.19 ([8MG]4:A.P-[DG]12:B.P)
Ширина малой бороздки 15.99 ([DG]6:B.P-[DG]12:A.P) 11.06 ([DT]7:A.P-[DG]22:B.P) 12.34 ([DG]2:A.P-[DG]12:B.P)

Задание 3

В этом задании я использовал выдачу программ find_pair и analyze; файл находится по ссылке.

Упражнение 1

Средние значения торсионных углов нуклеотидов в тРНК 1g59:

alpha beta gamma delta epsilon zeta chi
-51.82 36.21 50.97 95.90 -133.79 -58.22 -138.45

Данная структура больше всего похожа на А-форму ДНК.

Упражнение 2

Координаты стеблей в структуре тРНК:

  • 501..507 — 572..566
  • 549..553 — 565..561
  • 538..544 — 532..526
  • 510..513 — 525..522
    • Неканонические пары нуклеотидов:
  • 502:G-*---U:571
  • 555:U-**+-G:517
  • 538:A-**--C:532
  • 544:A-**--G:526
  • 513:U-*---G:522
  • 514:A-**--A:521

    • Стабилизирующие водородные связи:

  • 554:U-**--A:558
  • 508:U-**--A:546
  • 515:G-**+-C:548
  • 518:G-----C:556

    • Упражнение 3

    Среди всех пар азотистых оснований можно выделить десять с большими значениями площади перекрывания. Наибольшее значение имеют пары нуклеотидов GC/GU в 31 положении (13.51 Ų). Для получения изображения структуры я воспользовался следующими командами:

    ex_str -31 stacking.pdb step31.pdb

    stack2img -cdolt step31.pdb step31.ps

    Изображение стекинг-взаимодействия.