Команда для поиска инвертированных повторов в последовательности тРНК 1g59:
einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 0 -match 10 -mismatch -8 -outfile outfile -outseq seqout
Предсказанная по алгоритму Зукера вторичная структура тРНК.
Таблица сравнения реальной и предсказанной вторичной структуры тРНК:
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 1..7 — 72..66 | 1..16 — 31..18 | 1..7 — 71..65 |
| D-стебель | 10..13 — 25..22 | — | 9..13 — 26..22 |
| T-стебель | 49..53 — 65..61 | 34..48 — 59..65 | 48..52 — 64..60 |
| Антикодоновый стебель | 26..32 — 44..38 | — | 27..31 — 43..39 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 19 | 21 | 20 |
Ссылка на скрипт для определения множеств.
Ссылка на скрипт для изображения структур.
Ссылка на скрипт для последовательного отображения контактов.
Контакты разного типа в комплексе 1DDN.pdb:
| Контакты атомов белка с: | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 4 | 41 | 45 |
| остатками фосфорной кислоты | 48 | 20 | 68 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 38 | 43 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Молекула ДНК контактирует с субъединицами D, E и F белка преимущественно остатками фосфорной кислоты, а также посредством атомов углерода, принадлежащих 2'-дезоксирибозе и азотистым основаниям (со стороны бороздки). Данные говорят о том, что остов ДНК больше склонен к образованию связей, чем основания. Также можно заметить, что дезоксирибоза образует преимущественно неполярные контакты, а остатки азотистой кислоты — полярные.
Схемы, полученные с помощью программы nucplot:
На полученной схеме Arg29 и Gln43 образуют по 6 контактов с молекулой ДНК, что является наибольшим числом контактов среди аминокислотных остатков. В то же время Gln43 образует 2 водородные связи и 4 взаимодействия непосредственно с азотистыми основаниями, поэтому этот аминокислотный остаток можно считать наиболее важным для распознавания последовательности ДНК.
Контакт Arg29 с гуанином.
Контакт Arg29 с гуанином.
Контакт Gln43 с цитозином.
Контакты Gln43 с цитозином и тимином.
Контакт Arg29 с аденином.
Контакты Arg29 с аденином.
Контакт Gln43 с цитозином.
Контакты Gln43 с цитозином.