Практикум 7

Задание 1

На рассмотрение я взял эукариотический организм Bufo bufo (обыкновенную жабу). Выбрал именно эту жабу, потому что она красивая (см. фото). Судя по некоторым данным, у неё всего 22 хромосомы — 6 пар крупных и 5 пар малых хромосом (Birstein, V. J.; Mazin, A. L., 1982). По запросу "Bufo bufo" в NCBI я получил две сборки, одна из которых оказалась референсной (высококачественной) и имела уровень "Chromosome". В этой сборке геном представлен в виде 11 хромосом; по всей видимости, это гаплоидный набор.

Задание 2

Таблица 1. Характеристики выбранной сборки:

Идентификатор GenBank GCA_905171765.1
Идентификатор RefSeq GCF_905171765.1
Общий размер генома 5 Gb
N50 для контигов 4 Mb
N50 для скэффолдов 635.7 Mb
L50 для контигов 350
L50 для скэффолдов 4

N50 — наибольшая длина контига/скэффолда, для которого суммарная длина более длинных контигов/скэффолдов составляет не менее половины общей длины всей сборки. L50 — наименьшее число контигов/скэффолдов, включающих в себя в совокупности половину всей сборки.

Задание 3

Скачал из NCBI нуклеотидные последовательности генома в формате FASTA; последовательности белков (в формате FASTA); последовательности генома с аннотацией (GenBank).

Список литературы.

  1. Birstein, V. J.; Mazin, A. L., Chromosomal polymorphism of Bufo bufo: Karyotype and C-banding pattern of B. b. verrucosissima, Genetica, 1982.