На рассмотрение я взял эукариотический организм Bufo bufo (обыкновенную жабу). Выбрал именно эту жабу, потому что она красивая (см. фото). Судя по некоторым данным, у неё всего 22 хромосомы — 6 пар крупных и 5 пар малых хромосом (Birstein, V. J.; Mazin, A. L., 1982). По запросу "Bufo bufo" в NCBI я получил две сборки, одна из которых оказалась референсной (высококачественной) и имела уровень "Chromosome". В этой сборке геном представлен в виде 11 хромосом; по всей видимости, это гаплоидный набор.
Таблица 1. Характеристики выбранной сборки:
Идентификатор GenBank | GCA_905171765.1 |
Идентификатор RefSeq | GCF_905171765.1 |
Общий размер генома | 5 Gb |
N50 для контигов | 4 Mb |
N50 для скэффолдов | 635.7 Mb |
L50 для контигов | 350 |
L50 для скэффолдов | 4 |
N50 — наибольшая длина контига/скэффолда, для которого суммарная длина более длинных контигов/скэффолдов составляет не менее половины общей длины всей сборки. L50 — наименьшее число контигов/скэффолдов, включающих в себя в совокупности половину всей сборки.
Скачал из NCBI нуклеотидные последовательности генома в формате FASTA; последовательности белков (в формате FASTA); последовательности генома с аннотацией (GenBank).