Статистика файла .bam после картирования.
Статистика файла .bam после фильтрации.
Файлы с оценкой качества чтений:
Индексирование референса
hisat2-build chr21.fa chr21
samtools faidx chr21.fa
Ссылка на скрипт:
Ссылка на конфигурационный файл:
Статистика файла .bam после картирования.
Статистика файла .bam после фильтрации.
# картирование чтений на референс
hisat2 -x chr21 -k 3 -U SRR10720407_1.fastq.gz
samtools sort -o SRR10720407.bam SRR10720407.sam
samtools index SRR10720407.bam
# фильтрация чтений
samtools view -h -bS SRR10720407.bam chr21 > SRR10720407_sec.bam