Практикум 1

Задание 1

Скобочная формула дерева

(((Streptomyces avermitilis, Acidothermus cellulolyticus), (Bifidobacterium longum, (Leifsonia xyli, Clavibacter michiganensis))), ((Mycobacterium leprae, Rhodococcus jostii), Corynebacterium diphtheriae))

Изображение дерева

Ветви дерева и выделяемые таксоны

Дерево содержит пять нетривиальных ветвей:

  1. {S. avermitilis, A. cellulolyticus} vs {B. longum, L. xyli, C. michiganensis, M. leprae, R. jostii, C. diphtheriae}
  2. {L. xyli, C. michiganensis} vs {S. avermitilis, A. cellulolyticus, B. longum, M. leprae, R. jostii, C. diphtheriae}; формирует порядок Micrococcales
  3. {M. leprae, R. jostii} vs {S. avermitilis, A. cellulolyticus, B. longum, L. xyli, C. michiganensis, C. diphtheriae}
  4. {M. leprae, R. jostii, C. diphtheriae} vs {S. avermitilis, A. cellulolyticus, B. longum, L. xyli, C. michiganensis}; формирует порядок Mycobacteriales
  5. {L. xyli, C. michiganensis, B. longum} vs {S. avermitilis, A. cellulolyticus, M. leprae, R. jostii, C. diphtheriae}

Практикум 2

Задание 1

Таблица с таксономией выбранных бактерий:

Название Мнемоника NCBI Taxonomy
Acidothermus cellulolyticus ACIC1 Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermus
Bifidobacterium longum BIFLO Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Bifidobacteriales; Bifidobacteriaceae; Bifidobacterium
Clavibacter michiganensis CLAMS Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter
Corynebacterium diphtheriae CORDI Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
Leifsonia xyli LEIXX Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Micrococcales; Microbacteriaceae; Leifsonia
Mycobacterium leprae MYCLE Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycobacterium
Rhodococcus jostii RHOJR Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Nocardiaceae; Rhodococcus
Streptomyces avermitilis STRAW Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Kitasatosporales; Streptomycetaceae; Streptomyces