Практикум по множественному эволюционному выравниванию белковых доменов
Для проведения выравнивания было выбрано семейство белковых доменов из базы данных Pfam с AC PF00152 (tRNA synthetases class II (D, K and N)). Результаты анализа множественного выравнивания приведены в таблице 1.
| Название | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | sequences: 83 columns: 906 | Количество последовательностей в этом семействе белковых доменов равно 83, количество колонок в выравнивании равно 906 |
| Максимальный достоверный блок, включающие все последовательности (МДБ-all) | columns: 43-51 | Максимальный достоверный блок данного выравнивания состоит из 9 колонок, с 43 по 51 включительно |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 49:P, 43:[FYW] | 49-ая колонка выравнивания является абсолютно (100%) консервативной и состоит только из пролина, 43-я колонка является функционально консервативной и содержит гидрофобные ароматические аминокислоты фенилаланин, тирозин и триптофан |
| Максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности (МДБ-notAll) | columns: 804-817 sequences: 1-54 | Максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности, состоит из колонок 804-817 включительно, а также из последовательностей 1-54 включительно |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 804:[G], 806:[P], 810:[G], 814:[G], 816:[D], 817:[R] | В МДБ-notAll указаны только 100%-консервативные колонки, в скобках указана соответствующая единственная аминокислота, из которой состоит колонка выравнивания |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | columns: 519-580 | Такой блок состоит, например, из колонок с 519 по 580 включительно. По результатам сортировки по группам в нём не было выявлено ни одной группы, состоящей более чем из одной последовательности, следовательно, данный блок является недостоверным |