Характеристика сборки генома эукариотического организма

Далее, с целью познакомиться с нуклеотидными базами данных NCBI, ENA и DDBJ был выбран белок пропердин, он же фактор P, он же CFP — complement factor properdin. Пропердин представляет собой глобулярный белок, обнаруженный в сыворотке крови высших животных, в частности, млекопитающих; его функция заключается в обеспечении врождённого иммунитета. Далее, при помощи Advanced Search на сайте NCBI была получена следующая информация:

1. Всего записей про пропердин в нуклеотидных базах данных было найдено 912, из них посвящено генам 12 (11 из GenBank, 1 из RefSeq), а мРНК белков с таким словом в названии — 867 (281 из GenBank, 586 из RefSeq). Запрос: properdin[Title]);

2. Из них всего записей в GenBank — 319, а в RefSeq — 593;

3. Записей, описывающих последовательности человека, для генов (Genomic DNA/RNA) — 9 (из них GenBank — 8, RefSeq — 1), мРНК (mRNA) — 25 (из них GenBank — 23, RefSeq — 2), суммарно из GenBank — 34, RefSeq — 3.

4. Однако далеко не все эти записи содержат последовательности, кодирующие белок с соответствующей функцией. Например, поиск по запросу properdin[Title] NOT activator[Title] выдаёт 893 записи. Это говорит о том, что 19 записей по запросу properdin[Title] содержат последовательности, кодирующие другой белок Adipsin (он же factor D properdin, или активатор С3-конвертазы).

При использовании продвинутого поиска на сайте ENA были получены следующие результаты: записей, описывающих мРНК (mRNA) белков человека — 23 (запрос: scientific_name="Homo sapiens" AND description="properdin" AND mol_type="mrna"); записей, описывающих гены белков человека (genomic DNA) — 8 (запрос: scientific_name="Homo sapiens" AND description="properdin" AND mol_type="genomic dna").

Аналогично проводился Advanced Search сайте DDBJ: записей для мРНК белков человека — 23 (запрос: Molecular Type — mRNA, Definition — Properdin, Organism — Homo sapiens), записей для генов белков человека — 7 (запрос: Molecular Type — DNA, Definition — PFC, Organism — Homo sapiens). Использовалось альтернативное название белка PFC, так как при поиске с названием properdin выдавалось 26 записей, из которых 19 были посвящены антителам пропердина.

В реальной ситуации я, скорее всего, воспользуюсь NCBI, так как этот сайт обладает наиболее удобным и интуитивно понятным функционалом с наглядной выдачей необходимой информации.

Дополнительный поиск геномов органелл

Было обнаружено, что в выбранной сборке генома малайского панголина также содержится митохондриальный геном, краткая характеристика которого приведена ниже. (см. Таблицу 2.). Эта информация была найдена на странице сборки генома в графе Number of organelles, где в базу данных RefSeq была дополнительно добавлена аннотированная последовательность т.н. MT (mitochondrion) хромосомы, о чём указано в разделе RefSeq and GenBank assembly differences. Остальная информация была найдена в базе NCBI Nucleotide RefSeq for assembly (Genetic compartmens — mitochondrion(1)).