Описание пространственной структуры белка

Дезоксиуридин-5-трифосфат-нуклеотидгидролазы по данным банка PDB,

код 1SEH

Дезоксиуридин-5-трифосфат-нуклеотидгидролазa является ферментом, блокирующим вставку урацила, при синтезе ДНК .Белок представляет собой комплекс полипептидной цепи с двумя лигандами, существуют модификации белка связанные с другими молекулами.

Пространственная структура белка, представленная в файле 1seh.gif, может сначала показаться странной : от глобулярной части отходит длинный гидрофобный хвост, что энергетически не выгодно . Можно было бы подумать, что он встроен в мембрану , но Dutpase не является ни интегральным, ни полуинтегральным ,ни примембранным белком.

Дело в том, что его четвертичная структура представляет собой образование из трех абсолютно одинаковых субъединиц : применительно к DUTPASE из-за одинакового строения компонентов тримера под белком подразумевают одну субъъединицу, и в PDB файле, на котором основано изображение,описана структура именно такой субъединицы а не белка как функционального комплекса.

Тримерное строение белка объясняет наличие гидрофобного хвоста: в комплексе хвосты помещены внутрь молекулы и не взаимодействуют с водной средой.

В тримере 3 молекулы TRS объединяются и работают как единый лиганд: таким образом, о рганизация полипептидных цепей повторяется на более низком уровне на уровне организации лигандов . в белке 3 субъединицы образуют фигуру, напоминающую треугольник,- лиганды внутри белка тоже образуют треугольник.

ID	Название лиганда	Химическая формула
UMP	2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE	C9 H13 N2 O8 P1
TRS	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL	C4 H12 N1 O3

На рисунке созданном с помощью программы RASMOL показана пространственная структура белка DUTP PYROPHOSPHATASE . Зеленым (в остовной модели ) изображена полипептидная цепь , лиганды показаны в шариковой модели . Из эстетических соображений молекулы воды на рисунке не показаны.На подписях - ID лигандов, использующиеся в PDB файле, названия, соответствующие номенклатуре IUPAC, приведены в таблице над рисунком.

restrict none select protein backbone 98 color green select hetero and not water color cpk select atomno=312 label Dutp pyrophosphatase select atomno=1098 label UMP,ligand select atomno=1105 label TRS,ligand set fontstroke 0 set fontsize=12 color label white ECHO 3D structure of Dutp pyrophosphatase is shown!

Данный скрипт генерирует изображение приведенное выше:общий вид Dutp pyrophosphatase