Nakamurella multipartita
Nakamurella multipartita является аэробной грамположительной бактерией. Она была получена из сточных вод. Впервые о ней написано в статье Yoshimi Y., Hiraishi A. and Nakamura K. в 1996 году. В этой статье приведена таксономия бактерии (ссылка на источник):
Царство: |
Bacteria |
Тип: |
Actinobacteria |
Подкласс: |
Actinobacteridae |
Отряд: |
Actinomycetales |
Подотряд: |
Frankineae |
Семейство: |
Nakamurellaceae |
Род: |
Nakamurella |
Вид: |
N. multipartita |
Рост бактерии происходит при температуре от 10 до 35 градусов Цельсия, при этом оптимальная температура составляет 25 градусов Цельсия. N. multipartita способна накапливать большое количество полисахарида (в отсутствии азотных и фосфорных источников). Бактерия растет при рН в интервале от 5.0 до 9.0 и максимальный рост происходит при pH 7.0. Бактерия может расти при концентрации NaCl до 6%, однако рост прекращается при более высоких концентрациях. N.Multipartita использует широкий спектр органических соединений для получения углерода.
Информация о геноме бактерии была помещена в статье «Complete genome sequence of Nakamurella multipartita type strain (Y-104)» в 2010 году. Работа по этой тематике велась в рамках проекта Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea.
Почему секвенировали геном данной бактерии: Интерес к бактерии Nakamurella multipartita можно объяснить, разобравшись в ее особенностях. Nakamurella multipartita обладает способностью накопления большого количества полисахаридов. Именно эта особенность бактерии должна была заинтересовать ученых, потому что можно использовать полученные знания о генах, ответственных за накопление сахара. Особенности метаболизма N. Multipartita также привлекают ученых (материал по изучению ее метаболизма). Две кандидатские диссертации, посвященные метаболизму актиномицетов, были выполнены на биолого-почвенном факультете МГУ и в лаборатории радиоактивных изотопов Российской Академии Наук Института биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН. Они посвящены термоадаптации этих бактерий. Выявление этой общей особенности у актиномицетов также может быть причиной их изучения.
Изображение бактерии, полученное сканирующим электронным микроскопом:
взято с http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3035273/bin/sigs.721316-f3.jpg.
Статистика генома бактерии включает: данные о числе хромосом и плазмид в геноме; числе пар нуклеотидов в каждой из ДНК; числе генов, закодированных на каждой ДНК; проценте ДНК, занятой генами; остальные ДНК – это межгенные промежутки.
Статистика генома Nakamurella multipartita:
1. Одна кольцевая хромосома, плазмиды отсутствуют.
2. Количество белковых генов: 5240.
3. Длина генома, организованного в одну хромосому 6060298 пар нуклеотидов. Количественное распределение нуклеотидов: A -879649, C - 2145088, G -2152661, T -882900.
4. Средняя длина CDS (кодирующих последовательностей ДНК) - 1007.892 пар оснований.
5. Содержание Гуанина и Цитозина – 70,9%.
6. Процент ДНК, занятый генами 87%.
7. Количество генов РНК: 56.
Статистика протеома:
 |
 |
 |
| Частота встречаемости аминокислот в белках | Частотное распределение белков по их длине | Использование кодонов в генетическом коде для кодирования аминокислот |
Статья: Complete genome sequence of Nakamurella multipartita type strain (Y-104).
Авторы: Tice H, Mayilraj S, Sims D, Lapidus A, Nolan M, Lucas S, Glavina Del Rio T, Copeland A, Cheng JF, Meincke L, Bruce D, Goodwin L, Pitluck S, Ivanova N, Mavromatis K, Ovchinnikova G, Pati A, Chen A, Palaniappan K, Land M, Hauser L, Chang YJ, Jeffries CD, Detter JC, Brettin T, Rohde M, Goker M, Bristow J, Eisen JA, Markowitz V, Hugenholtz P, Kyrpides NC, Klenk HP, Chen F.
Stand Genomic Sci. 2010 Mar 30;2(2):168-75.
PMID: 21304699.
Аннотация: Nakamurella multipartita (Yoshimi et al. 1996) Tao et al. 2004 is the type species of the monospecific genus Nakamurella in the actinobacterial suborder Frankineae. The nonmotile, coccus-shaped strain was isolated from activated sludge acclimated with sugar-containing synthetic wastewater, and is capable of accumulating large amounts of polysaccharides in its cells. Here we describe the features of the organism, together with the complete genome sequence and annotation. This is the first complete genome sequence of a member of the family Nakamurellaceae. The 6,060,298 bp long single replicon genome with its 5415 protein-coding and 56 RNA genes is part of the Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea project.
Ссылка: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21304699.
Запрос, которым найдена статья - "Nakamurella multipartita".
Источники информации:
1. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3035273.
2. http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?nml00052.
4. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21304699.
Страница будет пополняться результатами блока 3.