Поиск мотивов, программы MEME и MAST
1. Поиск мотивов среди гомологов белка PDXK_BACSU
| Номер мотива | Число после- дователь- ностей | Длина мотива | е-value | LOGO |
| 1 | все | 50 | 2.7e-737 |  |
| 2 | все | 42 | 3.7e-495 |  |
| 3 | все | 29 | 6.5e-261 |  |
2. Сравнение блоков, найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle
В задании требовалось сравнить блоки, найденные с помощью программы MEME, с полным выравниванием, осуществленным программой MUSCLE. Для этого созданные файлы с блоками motifN.aln были переведены в fasta-формат с помощью программы seqret пакета EMBOSS, было выполнено полное выравнивание выбранных последовательностей с помощью MUSCLE.
Результат сравнения можно увидеть в файле comparison.jar, где найденные блоки сопоставлены с полным выравниванием. Все блоки совпали с полным выравниванием полностью, к сожалению. (Примечание: некоторые исходные последовательности (организмы: Caldivirga_maquilingensi, Leptotrichia_buccalis_C-, Zea_mays, Schizosaccharomyces_japo, Candida_glabrata_CBS_138) были убраны из выравнивания для удобства, но на результат сравнения это никак не повлияло).
3. Поиск найденных мотивов в других последовательностях
В задании требовалось найти мотивы из предыдущего задания, полученные с помощью программы MEME, в последовательностях, содержащих единственный домен моего белка, Phos_pyr_kin, из выравнивания, полученного с помощью Pfam в прошлом практикуме.
Посмотреть результат выполнения программы можно здесь.
- В скольких последовательностях (из стольких-то, имевшихся в seed.fasta) нашёлся каждый из мотивов?
В 132 из 132 последовательностях.
- В скольких нашлись все мотивы?
В 2 из 132.
- Соответствует ли выравнивание, взятое из Pfam, мотивам? (если нет, приведите пример несоответствия)
Во всех последовательностях сохраняется порядок мотивов: М3, М1, М2. Для некоторых последовательностей характерно удвоение М3 или М2. М1 встречается лишь в 2 последовательностях из 132 - в этом выравнивание из Pfam не соответствует мотивам, найденным MAST.