Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.

Упражнение 1

Доменная структура белка XXXX_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:

В структуру PDXK_BACSU входит всего один домен.
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка XXXX_BACSU	Клан
1.	PF08543	Phos_pyr_kin	Фосфометилпиримидин киназы (Phosphomethylpyrimidine kinase). Семейство названо по названию фермента фосфометилпиримидин киназы, который участвует в синтезе тиамин пирофосфата, кофактора многих энзимов.	13ndash;126	Ribokinase (CL0118). Включает в себя 6 семейств белков, функция у всех известна.

Упражнение 2

Во сколько разных архитектур входит домен?
34
Для какого числа белков, содержащих домен, известна последовательность?
8058
Для какого числа разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура (домена или всего белка)?
38

Выравнивание фрагментов белков, соответствующих домену, сохранено в файле

Блоки, содержащие домен Phos_pyr_kin хорошо выражены, выравнивание подтверждает гомологичность доменов.

Упражнение 3

Была выбрана архитектура Phos_pyr_kin, TENA_THI-4. Так как видов с данными доменами было очень много, не получилось отобразить дерево,поэтому можно было воспользоваться диаграммой.

Представленность доменов PF08543 и PF03070 в организмах разных таксонов

Таксон		Количество белков с доменом PF08543.	Количество белков с доменом PF03070.
Эукариоты	Зеленые растения	69	61
	Грибы	136	244
	Животные	38	0
	Остальные эукариоты	252	20
Археи		159	147
Бактерии		7342	2716
Вирусы		0	0

Упражнение 4

В задании требовалось сравнить описания мотивов в разных банках семейств по данным InterPro. На рисунке 1 изображена разметка найденных мотивов.

Рисунок 1