Uniprot

I. Сравнительная характеристика ортологов белка PDXK_BACSU

Ортологи белка PDXK_BACSU были найдены с помощью поиска в UNIPROT по ключевым словам. Основная информация о белках была получена с помощью команды entret пакета EMBOSS. Результаты сравнения и ответы на некоторые вопросы представлены в таблице.

Аминокислотные последовательности белков немного отличаются. Также данных об ортологах - E1UT07_BACAS и E0TW49_BACPZ – намного меньше, чем о PDXK_BACSU. Эти белки представлены только в базе данных TrEMBL, что говорит о том, что информация о них может быть неточной.

II. Число предполагаемых ортологов белка PDXK_BACSU в базах данных SwissProt и TrEMBL

Запросы, которые были использованы для поиска ортологов:

• taxonomy:"Bacillus [1386]" AND gene:pdxk

Найдено 9 белков. Результат запроса представлен на рисунке 1.




Рисунок 1 – Результат первого запроса


• taxonomy:1386 AND gene:pdxk AND keyword:181

С помощью "Show only entries from a complete proteome set" ограничили поиск последовательностями из полностью секвенированных геномов. Найдено 4 белка. Результат запроса показан на рисунке 2.




Рисунок 2 – Результат второго запроса



Таким образом, было найдено 3 ортолога белка PDXK_BACSU, причем все они находятся в базе данных TrEMBL.

III. Оперон, в который входит ген белка PDXK_BACSU и описание его структуры

Оперон — функциональная единица генома у прокариот, в состав которой входят цистроны (гены, единицы транскрипции), кодирующие совместно или последовательно работающие белки и объединенные под одним (или несколькими) промоторами. Начинается и заканчивается оперон регуляторными областями — промотором в начале и терминатором в конце.

Оперон, в который входит ген pdxk, не был найден в базе данных оперонов. Для поиска использовались данные: synonym BSU38020 , gene ywdB или gene pdxK.