PSI-BLAST
С помощью функции RANDBETWEEN(1,15) из списка была выбрана последовательность с ID=Q1AHR3. Для этого белка было составлено семейство гомологов. Протокол итераций представлен таблице.
Таблица - Протокол итераций PSI-BLAST
| Номер итерации | Число находок выше порога (0,005) | Идентификатор худшей находки выше порога | E-value этой находки | Идентификатор лучшей находки ниже порога | E-value этой находки |
| 1 | 11 | XP_003476407 | 2e-14 | ZP_09360138.1 | 6.1 |
| 2 | 12 | NP_302678 | 0.005 | YP_005335608.1 | 0.005 |
| 3 | 12 | NP_302678 | 8e-04 | XP_003003251 | 0.041 |
| 4 | 12 | NP_302678 | 0.001 | XP_003003251 | 0.044 |
| 5 | 12 | NP_302678 | 0.001 | XP_003003251 | 0.044 |
Во второй и последующих итерациях значение e-value предпоследней находки отличалось от последней в 30 порядков, поэтому последняя находка (ID=NP_302678) была исключена из списка для составления новой итерации.
Из таблицы видно, что после 3-й итерации результаты поиска не меняются, если не включать NP_302678 в список последовательностей, по которым будет строиться PSSM. Порог e-value был изменен и в выравнивание были включены все последовательности, кроме NP_302678. Результат множественного выравнивания можно увидеть в файле. В файле содержатся исходные последовательности, множественное выравнивание, выполненое с помощью программы MUSCLE, и множественное выравнивание, выполненое на сайте http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ с помощью программы Сobalt.