Занятие 5

Сбор информации о своем ферменте

Идентификатор белка - Q86US8. Это белок, связывающийся с теломеразой - Telomerase-binding protein EST1A.

Его EC-код 3.1.-.-. Это значит, что фермент относится к классу гидролаз (Hydrolases) - класс ферментов, гидролизующих ковалентные связи, подкласс - действующий на сложноэфирные связи (Acting on ester bonds). Подподкласс и порядковый номер не определены.

Общий вид реакции, катализируемый классом. A–B + H2O > A–OH + B–H

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

С помощью SRS узнали, сколько белков с такими классом, подклассом и т д у человека:

• 3.*.*.* - 1598
• 3.1.*.* - 576
• 3.1.-.* - 574
• 3.1.-.- - 574



Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?

С помощью UniProt получили список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс классификации EC совпадает с таковым нашего фермента фермента. Полученный результат сохранили в виде двух файлов: list.fasta - c последовательностями в Fasta-формате и list.tab - текстовая таблица, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код.

• 3.*.*.* - 1453
• 3.1.*.* - 533
• 3.1.-.* - 531
• 3.1.-.- - 531



Пользуясь программой blastp, найдем среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с нашим ферментом. Для этого воспользуемся следующими командами:

seqret sw:EST1A_HUMAN
makeblastdb -in list.fasta -out db -dbtype prot
blastp -query est1a_human.fasta -db db -out blast.out -evalue 1

Получили файл с выравниванием blast.out. Нащелся только 1 белок - EST1A_MOUSE. Его и можно считать гомологом, потому что e-value=0, и identity довольно высокий - 91%. ЕС-код у белков одинаковый.