Гидрофобный кластер в пространственной структуре ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка

Определение гидрофобного кластера вручную

При помощи визуализатора Jmol было построено изображение всех годрофобных атомов в пространственной структуре ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка. Для этого был испльзован скрипт atom-types.spt . Согласно нему, гидрофобными являются атомы углерода любых аминокислотных остатков, не связанные с другими полярными атомами, а также атомы серы меитонина и цистеина. Поскольку белок состоит из трех биологических единиц, соприкасающихся друг с другом, в качесве одного гидрофобного кластера мною были выделены все гидрофобные атомы, принадлежащие цепи B. Изображение этой группы атомов представлено на рис.1.

Рис.1. Гидрофобные атомы в цепи B. Желтыми шариками обозначены гидрофобные атомы, тонкой проволокой - остальные.

Как видно из рис.1, гидрофобные атомы почти полностью занимают глобулу, образованную цепью B.

Определение гидрофобного кластера при помощи сервиса CluD

Сервис CluD позволяет выделить гидрофобный кластер в пердставленной молекуле. Этот сервис выделил 8 различных гидрофобных кластеров вместо одного в цепи B. Изображение этих кластеров представлено на рис.2.

Рис.2. Гидрофобные кластеры в цепи B. Гидрофобные атомы обозначены шариками, остальные - тонкой проволокой. Различные кластеры имеют разные цвета. Стрелкой отмечен исследуемый в дальнейшем кластер.

Мною был рассмотрен гидрофобный кластер, помеченный на рис.2. стрелочкой. Он включает в себя 81 атом. Кроме того, как видно из рис.3., этот кластер как бы лежит на β-листе. Часть атомов β-листа входят в этот кластер.

Рис.3. Гидрофобный кластер в цепи B. Гидрофобные атомы обозначены шариками, элементы вторичной структуры - широкими лентами. β-листы покрашены в розовый цвет, α-спирали - в серый.