Остовные водородные связи и элементы вторичной структуры ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка

Водородные связи в α-спирали.

При помощи визуализатора Jmol была построена пространственная структура ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка (ABC transporter periplasmic binding protein, amino acid), после чего на одной из α-спиралей были отображены существующие в ней водородные связи. Полученное в результате изображение представлено на рис.1.

Рис.1. Водородные связи в пространственной структуре α-спирали. Серым цветом отображены атомы углерода, красным - кислорода, синим - азота. Водородные связи обозначены желтыми пунктирными линиями.

Как видно из рис.1, в α-спирали, образованной аминокислотными остатками №206-216 из цепи А ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка, существует 8 водородных связей, образованных атомами O и N различных аминокислотных остатков. Во всех случаях, кислород частично предоставляет свою электронную пару водороду, связанному с азотом. Пары аминокислотных остатков, связанных водородными связями, представлены в таблице 1.

Водородные связи в β-листе

При помощи визуализатора Jmol была построена пространственная структура ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка (ABC transporter periplasmic binding protein, amino acid), после чего на одном из β-листов были отображены существующие в нем водородные связи. Полученное в результате изображение представлено на рис.2.

Рис.2. Водородные связи в пространственной структуре β-листа. Серым цветом отображены атомы углерода, красным - кислорода, синим - азота, желтым - серы. Водородные связи обозначены зелеными пунктирными линиями.

Как видно из рис.2, в β-листе, образованной аминокислотными остатками №135-137 и №230-232 из цепи А ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка, существует 4 водородных связи, образованных атомами O и N различных аминокислотных остатков. Во всех случаях, кислород частично предоставляет свою электронную пару водороду, связанному с азотом. Пары аминокислотных остатков, связанных водородными связями, представлены в таблице 2, все они принадлежат белковой цепи B.

Таким образом, 2 отрезка цепи белка, образующие β-лист, являются антипараллельными. Причем аминокислотные остатки связаны друг с другом при помощи пары одородных связей разного направления.