Солевые мостики во вторичной структуре ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка

Солевой мостик

Солевой мостик - это ионная связь между COO- группами аспарагиновой или глутаминовой кислоты и NH3+ группами лизина или аргинина, по длине не превышающая 3.5 ангстрема. На рис.1 представлены все подобные связи в ABC-транспортерном периплазматическом связывающем аминокислоты белке.

Рис.1. Солевые мостики во вторичной структуре ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка. Красным цветом обозначены атомы кислорода, синим - атомы азота. Остатки аминокислот, несущие положителььный заряд, изображены зеленым цветом, отрицательный - голубым. Солевые мостики обозначены розовым пунктиром. Cα атомы связаны серыми линиями. Изображение получено при помощи графического интерпритатора Jmol.

Как видно из рис.1, всего в структуре белка присутствует 27 солевых мостиков. Команды для выделения и отображения солевых мостиков для файла 2YJP.pdb содержатся в spt-скрипте Maslova_saline.spt. Скачать полный текст скрипта можно по этой ссылке. Ниже приведены некоторые использованные в нем команды.

Для того, чтобы выделить положительно и отрицательно заряженные атомы в структуре белка, был использован файл atom-types.spt.

Также при помощи визуализатора Jmol было получено детальное изображение конкретного солевого мостика между аспарагиновой кислотой из цепи белка B (№ аминокислотного остатка - 169) и лизина из цепи белка B (№ аминокислотного остатка - 183). Также при поможи инструментов Jmol было измерено расстояние между атомами, образующими данную связь. Оно равно 2.8 A. полученное изображение представлено на рис.2.

Рис.2. Солевой мостик между лизином и аспарагиновой кислотой. Серым цветом отображены атомы углерода, красным - кислорода, синим - азота. Солевой мостик обозначен пунктирной линией.

Как видно из рис.2, донором при образовании связи является один из кислородов карбоксильной группы аспарагиновой кислоты, а акцептором - азот аминогруппы лизина.