Совмещение полипептидных цепей двух белков: АBC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка Neisseria gonorrhoeae (идентификатор PDB 2YJP) и Связывающего цистеин белка Campylobacter jejuni (идентификатор PDB 1xt8)

Выбор структуры для сравнения

Исходный объект сравнения - АBC-транспортерный периплазматический связывающий аминокислоты белок Neisseria gonorrhoeae (идентификатор базе PDB 2YJP). Мною была выбрана цепь B в качестве основы для сравнения.

Для определения похожих на АBC-транспортерный периплазматический связывающий аминокислоты белок был использован сервис PDBeFold. Был произведен поиск по структурам с минимально допустимым сходством в 70%.

Было просмотрено 95775 результатов (247218 цепей), совпадений было найдено 454.

Мною был выбран белок, принадлежащий организму Campylobacter jejuni - Cysteine-Binding Protein from Campylobacter jejuni (Цистеин-связывающий белок). Судя по названию, его функции идентичны АBC-транспортерному периплазматическому связывающему аминокислоты белку. Эти белки принадлежат двум бактериям разных классов.

В таблице 1 приведены параметры структурного совмещения.

На рис.1 приведено графическое изобржение совмещения АBC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка Neisseria gonorrhoeae и Связывающего цистеин белка Campylobacter jejuni с отображением вторичных структур данных белков. как выдно из данного изображения, элементы вторичных структур данных белков близки по строению.

Рис.1. Совмещение АBC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка Neisseria gonorrhoeae и Связывающего цистеин белка Campylobacter jejuni с отображением вторичных структур данных белков. Желтым цветом обозначен участок цепи АBC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка с 204 по 254 аминокислотный остаток. Голубым цветом обозначен участок цепи связывающего цистеин белка с 232 по 282 аминокислотный остаток. Условная линия между С-α атомами показана тонкой проволокой. Элементы вторичных структур показаны широкими лентами. Участок сильного расхождения ('Gap') белковых цепей выделен контрастными цветами.

На рис.2. показан тот же участок цепей, что и на рис.1, на нем отражены расстояния между С-α атомами двух цепей.

Рис.2. Совмещение АBC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка Neisseria gonorrhoeae и Связывающего цистеин белка Campylobacter jejuni. Желтым и зеленым цветом обозначены участки цепей АBC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка и связывающего цистеин белка соответсвенно с расхождением между С-α атомами не более чем 1.5 Å. Оранжевым и голубым помечены участки цепей АBC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка и связывающего цистеин белка соответсвенно с расхождением между С-α атомами от 1.5 до 2.0 Å. Красным и синим обозначены участки цепей АBC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка и связывающего цистеин белка соответсвенно с расхождением между С-α атомами более чем 2.0 Å. С-α атомы изображены шариками, условная линия между ними - проволокой. на рисунке отмечены расстояния между наиболее расходящимися С-α атомами.