Сравнение ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка с ортологами

Идентификатор ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка в базе данных RefSeq Protein - YP_209034.1. Зная его, можно определить его идентификатор в других базах данных, используя сайт UniProt, раздел ID Mapping. Идентификатор ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка в базе данных UniProt Q5F5B5_NEIG1

Для поиска оргологов использовался следующий запрос в базе данных UniProt:

Мною были выбраны два орголога для ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка. Это ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein бактерии Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15 (strain H44/76) и Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein бактерии Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58)

Команды для получения информации по данным белкам представленны в файле history_Maslova.txt

результаты сравнения данных белков по ключевым полям их записей в UniProt предсталенны в таблице 1.

Таблица 1. Сравнение ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка с ортологами

Параметр сравнения	Метка поля	Данный белок	Ортолог1	Ортолог2
Идентификатор записи	ID	Q5F5B5_NEIG1	E6MW15_NEIMH	Q9K035_NEIMB
Код доступа первый ("Accession number")	AC	Q5F5B5	E6MW15	Q9K035
Код(ы) доступа остальные	AC	---	---	---
Дата создания документа	DT	15-MAR-2005	08-MAR-2011	01-OCT-2000
Дата последнего исправления аннотации	DT	19-FEB-2014, entry version 54	19-MAR-2014, entry version 21	13-NOV-2013, entry version 70
Название (краткое описание) белка	DE	Putative ABC transporter, periplasmic binding protein, amino acid	ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein; Periplasmic solute binding family protein;	Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein
Название организма	OS	Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090)	Neisseria meningitidis serogroup B / serotype 15 (strain H44/76)	Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58)
Таксономия	OC	Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria.	Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria.	Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria.
Название гена и синонимы	GN	OrderedLocusNames=NGO2014;	OrderedLocusNames=NMBH4476_1604; ORFNames=NMH_0853;	OrderedLocusNames=NMB0787;
Номер публикции	RX	---	PubMed=21378179; DOI=10.1128/JB.01331-10;	PubMed=10710307; DOI=10.1126/science.287.5459.1809;
Автор(-ы) публикации	RA	Lewis L.A., Gillaspy A.F., McLaughlin R.E., Gipson M., Ducey T.F., Ownbey T., Hartman K., Nydick C., Carson M.B., Vaughn J., Thomson C., Song L., Lin S., Yuan X., Najar F., Zhan M., Ren Q., Zhu H., Qi S., Kenton S.M., Lai H., White J.D., Clifton S., Roe B.A., Dyer D.W.; Bulut H., Moniot S., Licht A., Scheffel F., Gathmann S., Saenger W., Schneider E.;	Hostetler J., Khouri H., Fedorova N., Radune D., Neuendorf B., Ishmael N., Forberger H., Dimitrov G., Szczypinski B., Puiu D., Annavarapu S., Shetty J., Viswanathan L., Busam D., Beeson K., McIntosh T., Daugherty S.C., Durkin A.S., Huot Creasy H., Creasy T., Dunning Hotopp J., Riley D., Angiuoli S., Budroni S., Siena E., Seib K., Serruto D., Nofroni C., Comanducci M., Covacci A., Pizza M., Rappuoli R., Moxon R., Tettelin H., Medini D.;	Tettelin H., Saunders N.J., Heidelberg J.F., Jeffries A.C., Nelson K.E., Eisen J.A., Ketchum K.A., Hood D.W., Peden J.F., Dodson R.J., Nelson W.C., Gwinn M.L., DeBoy R.T., Peterson J.D., Hickey E.K., Haft D.H., Salzberg S.L., White O., Fleischmann R.D., Dougherty B.A., Mason T.M., Ciecko A., Parksey D.S., Blair E., Cittone H., Clark E.B., Cotton M.D., Utterback T.R., Khouri H.M., Qin H., Vamathevan J.J., Gill J., Scarlato V., Masignani V., Pizza M., Grandi G., Sun L., Smith H.O., Fraser C.M., Moxon E.R., Rappuoli R., Venter J.C.;
Название публикации	RT	The complete genome sequence of Neisseria gonorrhoeae.	Genome sequence of Neisseria meningitidis serogroup B strain	Complete genome sequence of Neisseria meningitidis serogroup B strain MC58.
Журнал	RL	Submitted (MAR-2003) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases.	Submitted (DEC-2010) to the EMBL/GenBank/DDBJ databases	Science 287:1809-1815(2000)
Чем обосновано существование белка	PE	1: Evidence at protein level;	3: Inferred from homology;	3: Inferred from homology;
Ссылка (-и) на базу 3D структур PDB	DR	PDB; 2YJP; X-ray; 2.26 A; A/B/C=18-284.	---	---

Из таблицы видно, что ортологи белка несколько менее изучены: не доказано их существование (имеются только предположения в связи с наличием гомологичных структур), нет записей с пространственными структурами. Недавние даты исследований показывают, что изучение этих белков продолжается.

При сравнении названий этих трех белков можно видеть, что они синонимичны. Из этого следует схожесть выполняемых функций, а именно связывание субстрата в периплазматическом пространстве для дальнейшего транспорта. Однако остается неясным, какой именно лиганд связывает каждый из них. Поскольку описание этих белков проведено на основании работ, посвященных полному геному данных штаммов, мне не удалось определить, какой конкретно лиганд будет связываться с каждым из ортологов моего белка.

Дополнительно про ABC-транспортерный периплазматический связывающий аминокислоты белок можно сказать следующее:

Источники информации можно узнать из таблицы 2.