Uniprot. Поиск по аннотации

Поиск белков АТФ-синтазы с помощью UniProt

Оперон, кодирующий АТФ-синтазу Neisseria gonorrhoeae FA 1090, рассматривался в первом семестре с помощью сайта NCBI. Результаты этой работы предсталены здесь.

Все белки, составляющие АТФ-синтазу, можно найти с помощью базы данных Uniprot. В таблице 1 представленны использованные для этого запросы, включая ошибочные.

Скриншот результата поиска изображен на рис.1.

Рис.1. Результаты поиска, найденные белки

Таким образом, нашлось вего 9 белков. Из них 6 были проверены экспертом. 8 белков выведены из гомологии, 1 предсказан. Можно предположить, что их детальное изучение попросту не проводилось, поскольку, например, у близкородственного вида белки АТФ-синтазы были изучены и очень похожи на белки данного штамма.

Чтобы изучить ко-локализованность белков-субъединиц АТФ-синтазы, достаточно зайти на страничку каждого из этих белков, а оттуда - по ссылке GeneID на страницы сайта NCBI, посвященные генам данных белков.

Судя по изображению локализованности одного из генов (см. рис.2.), они все находятся на одной цепи и следуют друг за другом. Можно сделать вывод о принадлежности их к одному оперону.

Рис.2. Графическое отображение локуса гена NGO2148 и окружающих его. Из рисунка видно, что гены данных белков сонаправлены и лежат друг за другом на одной цепи.

Последовательности данных белков приведены в файле Maslova_1.fasta

Аналогичный поиск был проведен для организма того же рода, но другого вида - Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58)

Нашлось 8 белков, 6 из них проверены экспертом. Последовательности этих белков приведены в файле Maslova_2.fasta. Ниже периведен запрос, позволяющий найти данные белки.

На рис.3 показан скриншот выполненного запроса

Рис.3. Результаты поиска, найденные белки

Судя по нумерации генов найденных белков для Neisseria meningitidis serogroup B (strain MC58), они также находятся на одной цепи, последовательно. Можно сделать вывод о принадлежности их к одному оперону.

Поиск гомологов для белка ATP synthase subunit alpha организма Neisseria gonorrhoeae FA 1090

Для этого использовался следующий запрос: (названия организмов автоматически заменились на числовые ID, поскольку страницу перезагружали)

Найдено 14427 результатов, проверенных экспертами - 796

На рис.4. представлены белки, выбранные из полученных результатов.

Рис.4. Результаты поиска, выбранные белки белки

Последовательности выбранных белков приведены в файле Maslova_3.fasta