Онлайн BLAST

Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Целью данного упражнения было найти из генома какого прокариота взята данная последовательность нуклеотидов. Для этого использовалась программа megablast на сайте NCBI. В критериях поиска была выбрана база данных "refseq_genomic" и убрана галочка с Low complexity regions в разделе Filters and Masking. В поле Organism были выбраны Bacteria и Archea. В результате была найдена запись генома археи Archaeoglobus fulgidus, информация о кторой представлена в таблице 1.

Поиск гомолога белка человека в геноме африканского слона

При помощи команды infoseq sw:mas*_human -only -name -desc -out 1.txt были найдены последовательности белков, названия которых начинаются с нужных букв. Из них был выбран белок MAS1L_HUMAN.

На сайте ENA был проведен поиск гомолога этого белка в геноме африканского слона Loxodonta africana. Результат наилучшего выравнивания показан в таблице 2.

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Задача заключалась в поиске гомологов данной последовательности тРНК по всем бактериям, относящимся к тому же порядку Neisseriales, что и Neisseria gonorrhoeae FA 1090.

Результаты использования 3 различных алгоритмов BLAST показаны в таблице 3

Таким образом, megablast ищет самые близкие гомологи, в то время как blastn расширяет список, а blastn с особыми параметрами выдаёт довольно далёкие гомологи. Соответственно, эти три типа алгоритмов можно испльзовать для поиска гомологов разной степени родства.