Нуклеотидные банки данных
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Знакомство со структурой банка RefSeq посредством поисковой системы SRS
С помощью поисковой системы SRS был получен список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae, приведенный в таблице 1.
| RefSeq_DNA (release) | Accession | Описание последовательности | Длина последовательности |
| REFSEQ_DNA:NC_001133 | NC_001133 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. | 230218 |
| REFSEQ_DNA:NC_001134 | NC_001134 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. | 813184 |
| REFSEQ_DNA:NC_001135 | NC_001135 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. | 316620 |
| REFSEQ_DNA:NC_001136 | NC_001136 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. | 1531933 |
| REFSEQ_DNA:NC_001137 | NC_001137 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. | 576874 |
| REFSEQ_DNA:NC_001138 | NC_001138 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. | 270161 |
| REFSEQ_DNA:NC_001139 | NC_001139 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. | 1090940 |
| REFSEQ_DNA:NC_001140 | NC_001140 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. | 562643 |
| REFSEQ_DNA:NC_001141 | NC_001141 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. | 439888 |
| REFSEQ_DNA:NC_001142 | NC_001142 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. | 745751 |
| REFSEQ_DNA:NC_001143 | NC_001143 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. | 666816 |
| REFSEQ_DNA:NC_001144 | NC_001144 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. | 1078177 |
| REFSEQ_DNA:NC_001145 | NC_001145 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. | 924431 |
| REFSEQ_DNA:NC_001146 | NC_001146 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. | 784333 |
| REFSEQ_DNA:NC_001147 | NC_001147 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. | 1091291 |
| REFSEQ_DNA:NC_001148 | NC_001148 | Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. | 948066 |
Также было получено подробное описание XI хромосомы того же организма, приведенное в таблице 2.
| Параметр | Значение |
| № | XI |
| Длина | 666816 |
| Количество гнов белков | 313 |
| Количество генов тРНК | 16 |
Для данной хромосомы было выбрано 4 гена, а именно: ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов; ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов; ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон; ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон. Информация о них приведена в таблице 3.
| Тип | Ген | Координаты |
| Ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов | MCH2 | 6107..7528 |
| Ген, который находится на обратной цепи и не имеет интронов | PAU16 | complement(1810..2181) |
| Ген, который находится на прямой цепи и имеет хотя бы один интрон | APE2 | join(154991..155271,155655..158232) |
| Ген, который находится на обратной цепи и имеет хотя бы один интрон | SFT1 | complement(join(430198..430455,430597..430632)) |
Получение последовательности, кодирующей ABC-транспортерный периплазматический связывающий аминокислоты белок
Для работы был выдан идентификатор белка в базе данных NCBI Protein - YP_209034.1. С помощью сайта Uniprot был получен AC белка в базе данных Uniprot - Q5F5B5. По нему с помощью программы entret пакета EMBOSS получена полная запись Uniprot, откуда был найден AC записи EMBL, в которой описан ген ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка - AE004969.
По AC белка в полной записи EMBL был найден ген, кодирующий данный белок. Это ген локуса NGO2014. Он имеет координаты 1985170..1986024 на прямой цепи.
Затем из записи EMBL быд вырезан фрагмент, содержащий последовательность гена, кодирующего ABC-транспортерный периплазматический связывающий аминокислоты белок. Последовательность в формате .fasta можно увидеть здесь
Последнее изменение: 13.10.2014