Знакомство с филогенетическим деревом бактерий

Отобранные для работы бактерии указаны в таблице 1.

Таблица 1. Отобранные для работы бактерии

Название	Мнемоника
Clostridium tetani	CLOTE
Enterococcus faecalis	ENTFA
Finegoldia magna	FINM2
Geobacillus kaustophilus	GEOKA
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Lactobacillus delbrueckii	LACDA
Lactococcus lactis	LACLM
Listeria monocytogenes	LISMO

Скобочная формула дерева:

                    ((CLOTE,FINM2),((GEOKA,LISMO),((LACDA,LACAC),(ENTFA,LACLM)))); 

                

Изображение дерева:

Рис.1. Изображение дерева.

Это дерево содержит в себе следующие нетривиальные ветви (5 штук):

(CLOTE,FINM2) против (GEOKA,LISMO,LACDA,LACAC,ENTFA,LACLM)

(GEOKA,LISMO) против (CLOTE,FINM2,LACDA,LACAC,ENTFA,LACLM)

(GEOKA,LISMO,CLOTE,FINM2) против (LACDA,LACAC,ENTFA,LACLM)

(LACDA,LACAC) против (GEOKA,LISMO,ENTFA,LACLM,CLOTE,FINM2)

(ENTFA,LACLM) против (GEOKA,LISMO,CLOTE,FINM2,LACDA,LACAC)

Таксономия выбранных бактерий указана в таблице 2.

Таблица 2. Таксономия

Бактерия	Таксономия
CLOTE	Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
ENTFA	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
FINM2	Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Peptoniphilaceae; Finegoldia
GEOKA	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus
LACAC	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
LACDA	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
LACLM	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Lactococcus
LISMO	Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria

Таким образом, нетривиальные ветви обозначают следующие таксоны:

(CLOTE,FINM2) против (GEOKA,LISMO,LACDA,LACAC,ENTFA,LACLM) соответствует Clostridia

(GEOKA,LISMO) против (CLOTE,FINM2,LACDA,LACAC,ENTFA,LACLM) соответствует Bacillales

(GEOKA,LISMO,CLOTE,FINM2) против (LACDA,LACAC,ENTFA,LACLM) соответствует Lactobacillales

(LACDA,LACAC) против (GEOKA,LISMO,ENTFA,LACLM,CLOTE,FINM2) соответствует Lactobacillaceae

Укоренение в среднюю точку

На рисунке 2 показано дерево, построенное методом Neighbor-Joining using % identity и укорененное в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP

Рис.2. Изображение дерева.

Укоренение произошло в правильную ветвь (CLOTE,FINM2) против (GEOKA,LISMO,LACDA,LACAC,ENTFA,LACLM). Однако, само дерево не соответствует действительности, в нем не отражается правильная таксономия ENTFA и LACLM.