Построение и визуализация электронной плотности

Для работы был выбран ABC-транспортерный периплазматический связывающий аминокислоты белок (ABC transporter periplasmic binding protein, amino acid), рассматриваемый ранее. В базе PDB он имеет идентификатор 2yjp. Разрешение структуры составляет 2.26 A. Статья, описывающая экспериментальные данные по электронной плотности доступна по ссылке. Ниже рассматривалась исключительно цепь А данного белка. Для цепи А данного белка нашлись требуемые структурные гомологи, 89 белков с RMSD от 0 до 3.23 ангстрем и Nalign от 100% до 78% длины цепи А.

На рис.1. приведена визуализация электронной плотности вокруг полипептидной цепи в цепи А с уровнем подрезки 2.

Рис.1. Электронная плотность остовной цепи субъединицы А ABC-транспортерного периплазматического связывающего аминокислоты белка.

На рис.2-4 приведены отображения электронной плотности для трех разных аминокислот данного белка.

Рис.2. Электронная плотность Lys183 при уровне отсечки 1 и 2 соответственно. Центры атомов Lys183 показаны шариками.

Рис.3. Электронная плотность Ala168 при уровне отсечки 1 и 2 соответственно. Центры атомов Ala168 показаны шариками.

Рис.4. Электронная плотность Trp210 при уровне отсечки 1 и 2 соответственно. Центры атомов Trp210 показаны шариками.

Как видно из рис.2-4, центры атомов в целом соостветствуют центрам сгущений электронной плотности для данных аминокислот при низком уровне подрезки. При высоком уровне наблюдаются отклонения pdb-структуры от экспериментальных данных.