Нахождение гидрофобных кластеров

Запуск CluD с параметрами по умолчанию (threshold 5.4) даетмножество мелких кластеров, а также крупные кластеры, по одному на две белковые цепи, и два на третью. Крупные кластеры показаны на рис.1.

Рис.1. Гидрофобные кластеры из выдачи CluD с параметрами по умолчанию. Мелкие гидрофобные кластеры покрашены в синий, два кластера белковой цепи А покрашены в голубой и желтый, кластер цепи В покрашен в зеленый, кластер цепи С покрашен в красный.

Запуск с порогом 4.8 дает более красивую картинку: на каждой из белковых цепей выделяется по 2 крупных гидрофобных кластера (рис.2). Во всех трех белковых молекулах меньший кластер отделен от большего широким β-слоем.

Рис.2. Гидрофобные кластеры из выдачи CluD с порогом 4.8. Мелкие гидрофобные кластеры покрашены в синий, два кластера белковой цепи А покрашены в голубой и желтый, кластеры цепи В покрашены в оттенки зеленого, кластеры цепи С покрашены в оттенки красного.

Нахождение гидрофобных кластеров на интерфейсах цепочек

ДЛя выполнения данного задания была взята структура фибриногена человека (pdb id 3ghg). При использовании CluD с отсечкой в 4.75 можно найти гидрофобный кластер, расположенный на стыке цепей K,J,L,H,I,G (рис.3). Также находятся кластеры, соединяющие тройки цепей в местах протяженных α-спиралей, такой как показан на рис.4.

Рис.3. Гидрофобный кластер из выдачи CluD с порогом 4.75 для фибриногена человека, расположенный между 6 цепей белка.

Рис.4. Гидрофобный кластер из выдачи CluD с порогом 4.75 для фибриногена человека, расположенный между 3 цепей белка.