Построение поверхности

Раскраска участка поверхности

Для работы использовалась структура комплекса димера пуринового репрессора с ДНК (pdb id 1wet).

Покажем а)поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера; б)поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт; в)поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

Рис.1. Поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера. Мономеры белка - белый и серый, поверхность - полупрозрачная фиолетовая, ДНК розовая.

Рис.2. Поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт. Мономеры белка - белый и серый, поверхность - полупрозрачная фиолетовая, ДНК розовая. Следует отметить, что невозможно отобразить в виде остова только часть белка, осуществляющую контакт, поскольку это одиночные остатки (которые в модели отображения ribbon дают 1 точку, а не отрезки, и PyMol их не отобразит).

Рис.3. Поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.Мономеры белка - белый и серый, поверхность - полупрозрачная фиолетовая, ДНК розовая.

Определение гидрофобных кластеров

Для нахождения гидрофобных кластеров использовался сервер CluD. Производились запуски с различным порогом для достижения наилучшего результата. Из-за проблем с веб-апплетом Jmol и отсутствием Rasmol, для работы с этим практикумом использовался скрипт, генерирующий сессию PyMol на основании текстовой выдачи CluD, любезно предоставленный Александром Злобиным. Затем были выбраны атомы, принадлежащие одновременно рассматриваемому объекту и гидрофобным кластерам и находящиеся на расстоянии в 3.5 ангстрема от объекта, с которым осуществляется взаимодействие. Ниже приведены изображения а)поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера; б)поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт. Изображение поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали не приведено, поскольку нет атомов, которые принадлежат ДНК, входят в гидрофобные кластеры и участвуют в контакте ДНК с белком.

Рис.4. Поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера. Мономеры белка - белый и серый, поверхность - полупрозрачная фиолетовая, ДНК розовая, атомы, принадлежащие при этом найденным гидрофобным кластерам - желтые.

Рис.4. Поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт. Мономеры белка - белый и серый, поверхность - полупрозрачная фиолетовая, ДНК розовая атомы, принадлежащие при этом найденным гидрофобным кластерам - желтые (их всего 4 штуки, плохо заметны). Следует отметить, что невозможно отобразить в виде остова только часть белка, осуществляющую контакт, поскольку это одиночные остатки (которые в модели отображения ribbon дают 1 точку, а не отрезки, и PyMol их не отобразит).