Изображение области связывания 6-метилпурина
с пуриннуклеозидфосфорилазой

На главную страницу первого семестра
Шариками показаны атомы,
предположительно, влияющие на
связывание белка с молекулой
6MP(6-метилпурина).
Из них серым цветом
покрашены атомы углерода,
участвющие в гидрофобных
взаимодействиях.
Пунктирными линиями показаны
водородные связи
между 6MP и белком.
Серой ломаной проволокой
изображён остов белка.
restrict none
script 1ou4.def
select protein
backbone 10
color [200,200,200]
select cont_AA1_6mp
wireframe 100
color cpk
select cont_AA2_6mp
wireframe 50
select BM 
cpk 200
select m
wireframe 120
color cpk
bond 2486 5416+
bond 3144 5408+
bond 2991 5412+
center selected
zoom 800
Изображение генерируется этим
скриптом в программе Rasmol.

Генно-инженерный эксперимент:

Цель: заменой одного а.к. остатка добиться потери способности связывания 6MP с белком.

    Молекула 6MP связана с белком тремя водородными связями: с атомом O в 159-ом остатке цепи B, с N в 92-ом и с O в 178-ом. Все эти атомы находятся в остове цепи и одинаковы у всех аминокислотных остатков, поэтому замена аминокислотных остатков, содержащих эти атомы, скорее всего не повлияет на способность связывания 6MP с белком.
    Я предполагаю, есть другой способ заменой одного аминокислотного остатка добиться потери способности связывания 6MP с белком.
    178-й и 159-й остатки находятся недалеко друг от друга, между ними цепь свернута в
α-спираль. Если нарушить структуру этой α-спирали, то, возможно, это приведет к невозможности хотя бы одной водородной связи, а то и полностью лишит белок способности связывать 6MP.
    На рисунке α-спираль окрашена красным. Зеленым цветом показано место 169-го остатка. Если заменить 169-й остаток на пролин, то структура α-спирали нарушится, что изменит ход цепи, и, возможно, поспособствует потере способности связывания белка с 6MP.


©Кармушаков Азар