Вес вычисляется по формуле:
W = M - X - G где M - число позиций выравнивания, в которых обе буквы одинаковы; X - число позиций выравнивания, в которых буквы разные, G - число гэпов.
Изменить выравнивание так, чтобы вес увеличился используя такие критерии нельзя.