Создание паттернов для поиска и распознавания аминокислотных последовательностей

На главную страницу второго семестра
                                                                 
                                                                 
D E O D _ M Y C G E   :   N E V R G M F A Y T G Q Y K   :     1 4
D E O D _ M Y C P N   :   N E V R G M L A F T G Q Y K   :     1 4
D E O D _ E C O L I   :   N N V R G M L G F T G T Y K   :     1 4
D E O D _ T R E P A   :   N E V R G M L G F T G T Y K   :     1 4
D E O D _ S T R T R   :   N E V R N M F G Y T G T Y K   :     1 4
                          N   V R   M       T G   Y K            

По данному выравниванию было создано три паттерна разной силы. По этим паттернам был выполнен поиск в Swiss-prot. Вот результаты поиска:
Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности N-N-V-R-G-M-L-G-F-T-G-T-Y-K 22 Нет
Сильный N-[EN]-V-R-[GN]-M-[FL]-[AG]-[FY]-T-G-[QT]-Y-K 27 Да
Слабый N-X-V-R-X-M-X(3)-T-G-X-Y-K 39 Да
Слабый паттерн отличается от сильного тем, что на не консервативхых позициях разрешено присутствие любых а.к. остатков. Очевидно, что при поиске по слабому паттерну найдено большее количество белков.

©Кармушаков Азар