- Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов)
- При сравнении двух выравниваний возможных гомологов, глобального и локального,
выяснилось, что глобальное
выравнивание полностью содержит в себе локальное.
- Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки
- Была предпринята попытка выровнять одну последовательность с другой,
полученной из двух кусочков первой.
- Как и в прошлом случае, выравнивание, получанное программой water
полностью содержится в выравнивании, полученном программой needle. Кусочки выровнены верно.
- В трех выравниваниях, выданных программой matcher первые два -
это выравнивания двух кусочков отдельно, а третье - интересная попытка выровнять
небольшой участок первого кусочка с негомологичным ему участком начальной последовательности.
- Параметры программ построения выравниваний
- Была повторена попытка выровнять одну последовательность с другой,
полученной из двух кусочков первой,
но с другими значениями штрафов за открытие гэпа и его продолжение.
- Выравнивания производились программой needle.
- В выравнивании с использованием стандартных значений штрафов(за открытие - 10,
за продолжение - 0.5) все выровнено верно(кусочки сопоставлены их прототипам)
- В выравниваниях со значениями штрафов 5(за открытие),1(за продолжение)
и 1,1(соответственно)
за счет увеличения штрафа за продолжение гэпа в стремлении увеличить вес выравнивания программа
постаралась максимально уменьшить длины всех гэпов. Этого можно добиться только сдвинув кусочки
второй последовательности друг к другу. Это и было совершено программой: кусочек подлиннее(второй)
остался на месте, а первый сдвинулся к нему вплотную, как попало вырровнившись с близлежащими
аминокислотами первой последовательности.
- В выравнивании со штрафами 10 - за открытие, 1 - за продолжение из-за повышения штрафа за
открытие программа вообще не открыла ни одного гэпа.
- Карта локального сходства
В результате этого упражнения с помошью программы dotmatcher при использовании различных значений
параметров windowsize и treshhold были получены несколько
изображений локальных выравниваний:
Значения по умолчанию: windowsize и treshhold соотвественно 10 и 23.
windowsize - 10 treshhold - 40
windowsize - 10 treshhold - 2
На основании этих изображений можно сделать вывод, что treshhold - это максимальный
размер локального выравнивания, которое мы требуем от программы, т.к. при его увеличении
картинка почти не меняется, а при уменьшении мы замечаем увеличение количества выравниваний,
что обьясняется сравнительной простотой выравнивания более коротких последовательностей.
windowsize - 5 treshhold - 23
windowsize - 20 treshhold - 23
На основании этих изображений можно сделать вывод, что windowsize - минимальный
размер локального выравнивания, т.к. при увеличении этого параметра полоски на картинке удлиняются.